Los primeros dos siglos, su territorio comprendía casi toda América del Sur, incluyendo Panamá y algunas islas de Oceanía.
Gonzalo Pizarro vio a sus capitanes pasarse al bando de la Gasca y la derrota para él resultó aplastante.
Con ellos se intentó profesionalizar el gobierno, sustituyendo las inoperantes figuras de los corregidores y los alcaldes mayores, dedicando especial interés a todo lo relacionado con la hacienda.
El rey encargó al antiguo gobernador de Maynas, Francisco Requena, que realizara un informe sobre la situación del citado territorio.
Sin embargo, Guayaquil se proclamó Estado independiente en 1820 y recibió la ayuda gran colombiana del general Simón Bolívar.
Estas audiencias fueron las siguientes: En Lima la Audiencia fue presidida por el virrey y estuvo conformada por los oidores (de número variable llegando a tener durante varios años hasta doce miembros), dos fiscales, un alguacil mayor, un teniente del Gran Canciller y numeroso personal subalterno.
A diferencia de los Caciques, estos Varayocs no tenían una ascendencia en la Nobleza indígena, sino que eran nativos del común, en mayor medida ladinos (instruidos) y católicos.
El mestizo podía ser marginado con mayor facilidad que la nobleza criolla o indígena porque carecía de un linaje aristocrático.
Aunque esto último, según la historiadora Pilar Gonzalbo Aizpuru no fue la regla general, siendo un fenómeno tardío y propio de la oligarquía criolla.
Los principales yacimientos mineros fueron: Castrovirreyna, Huancavelica, Cerro de Pasco, Cajabamba, Contumazá, Carabaya, Cayllama, Hualgayoc, todas ubicadas en el actual Perú.
La mayor intensidad de este comercio ilícito se manifestó en los puertos del Atlántico, llámese Montevideo y Buenos Aires; ello debido a la lejanía en que se encontraban con respecto a la capital virreinal, Lima, y al puerto de entrada autorizado que era el Callao.
En virtud de esto, surgieron Valparaíso, Arica, Guayaquil, Montevideo y Buenos Aires, que disputaron la supremacía del Callao.
Los únicos exentos de pagar el tributo eran los caciques-gobernadores, alcaldes e indios nobles, aunque inicialmente los nobles Incas del Cuzco fueron obligados por Álvarez de Toledo a pagar el tributo juntamente con los yanaconas y hatunrunas, hecho al cual tuvieron que apelar para ser eximidos.
Desde un inicio los indígenas fueron empleados en las faenas agrícolas y fue a través de esta práctica que pudieron pagar sus tributos.
Nuevas técnicas como el barbecho, la rosa y quema así como diferentes instrumentos les fueron dados a los nativos para que explotaran al máximo la agricultura.
Hacia 1600 la producción local fue lo suficientemente estable como para sustituir las importaciones que se hacían desde la España europea, causando gran molestia a los comerciantes españoles.
Es desde entonces que el comercio intraamericano empezó a tener auge, principalmente entre las regiones del Perú, Chile y Centroamérica.
Su número creció rápidamente debido a que las vestimentas tenían gran demanda entre los indígenas mineros (de diferentes calidades: bayetas, jergas, frazadas, alforjas, medias, sombreros, costales).
Llegando a introducir términos quechuas por toda Sudamérica, entre los indios del Paraguay, la Araucanía, los Antis y hasta Bogotá.
Su carácter misionero hizo que la orden mercedaria llegara a las altas cumbres cordilleranas en búsqueda de nativos americanos para evangelizar.
Estas cinco órdenes proporcionaron la mayor parte de religiosos que asumieron la tarea evangelizadora en el virreinato del Perú.
Solo un natural de Lima fue condenado a la hoguera: el bachiller Juan Bautista del Castillo, por proposiciones contra la fe.
Todavía fue restablecido tras la llegada de Fernando VII al poder, pero su existencia fue más que nada testimonial hasta su definitiva supresión en 1820.
En ella influenció y desempeñó gran papel la Iglesia a través de sus órdenes religiosas, destacando en esta labor los jesuitas.
Entre los más importantes escultores del virreinato figuran Juan Martínez de Arrona, excelente ebanista especializado en cajonería religiosa.
Este gran retablo describe en sus relieves la vida San Juan Bautista y fue enviado, desde Sevilla, durante quince años a la Ciudad de los Reyes (1607-1622).
Las primeras manifestaciones literarias del Perú virreinal recibieron marcada influencia renacentista e italiana, expresada en los depurados modelos grecolatinos en prosa y verso (gusto aristocrático).
En este aspecto destacaron los jesuitas por sus sermones dominicales o en las grandes festividades también se cultivó esta actividad en la enseñanza, especialmente en los colegios máximos y, preferentemente, en la cátedra universitaria.
[cita requerida] En Lima, la tres veces coronada ciudad, se fue creando un boato, una magnificencia, una opulencia y una vida cortesana de un nivel al que llegaban escasas capitales europeas.
A todo lo largo de esta misma vía, se levantaban arcos al estilo del Imperio romano,[cita requerida] adornados con pinturas y esculturas.