Cuenta además con dos centros culturales, diez museos, diversas bibliotecas, una clínica y consultorios universitarios, un fondo editorial, entre otros.

La Universidad de San Marcos es actualmente la 1.era institución peruana en producción científica, tanto anualmente[24]​ como en el acumulado histórico.

En lo académico, mantuvo las normas que regían en España, es decir desarrollaba sus funciones con la enseñanza de Filosofía como base para cualquier otro estudio superior.

[50]​[60]​ Hoy en día, el Congreso de la República del Perú sigue funcionando en ese mismo local.

En 1822, la universidad entrega su colección de 50 000 libros para formar la recién fundada Biblioteca Nacional del Perú.

[51]​ La reforma universitaria planeaba el acceso a la educación de la clase media y popular, que hasta entonces tenía presencia minoritaria en San Marcos.

Estos ideales iniciaron una larga tradición de activismo estudiantil en la universidad y alteraron el panorama político peruano.

Poco después, al ser excarcelado, asumió el cargo de cónsul de Perú en Alemania, lo cual le permitió expedir documentación y pasaportes que ayudaron a varios judíos a escapar del holocausto fomentado por el régimen nazi.

[50]​ Sin embargo, dicho año se oficializa su denominación como Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la cual permanece hasta la actualidad.

[75]​[76]​[77]​ Dado el incidente la conferencia fue trasladada a la Universidad Católica de Lima, donde Nixon tuvo una recepción particularmente fría.

Así también, dada la diversidad y representatividad de su alumnado, algunos autores han referido a la institución como una «muestra del Perú».

[82]​[83]​[84]​[85]​[86]​ En dicho reconocimiento, Mario Vargas Llosa, premio Nobel de Literatura 2010, declaró lo siguiente respecto a su institución:[86]​

[88]​ Al año siguiente, en 2019, la universidad otorgó por primera vez en su historia moderna un grado de doctorado con base en una tesis elaborada y defendida enteramente en quechua.

Esta peculiaridad histórica ha contribuido a que recientemente se incremente la cooperación entre ambas instituciones en temas de intercambio y capacitación.

[179]​ Desde su fundación, la Universidad de San Marcos ha contado con siete locales principales, teniendo dos importantes traslados durante el siglo XVI, uno a mediados del siglo XIX, y el último a mediados del siglo XX:[49]​ Adicionalmente, la Universidad de San Marcos cuenta actualmente con otros locales y filiales ubicados en varios distritos de Lima y en diversas provincias del país.

Además, la Ciudad incluye el complejo arqueológico de la huaca San Marcos, que es preservado y estudiado por alumnos e investigadores sanmarquinos.

Saqueadas durante la ocupación chilena durante la guerra del Pacífico, a inicios del siglo XX se inició un proceso modernización emprendido por el bibliotecólogo Pedro Zulen y el historiador peruano Jorge Basadre, proceso que logró la reorganización y catalogación total de los títulos habidos.

Está constituida de cuatro edificios unidos entre sí, tiene cinco niveles y se ubica en la Plaza cívica del campus universitario.

En las últimas décadas ha sido también escenario de varios conciertos, presentándose en él bandas y artistas como Metallica, Korn, Gustavo Cerati, Marc Anthony, Bon Jovi, Green Day, The Smashing Pumpkins, Fania All-Stars, Iron Maiden, Shakira, Slayer, Van Halen, Bad Religion, Juanes, Aerosmith, Pearl Jam, Noel Gallagher, Lady Gaga, entre otros.

El proceso de evangelización trajo varias órdenes religiosas a finales del siglo XVI.

El cambio demográfico, desde la ciudad colonial hasta hoy, explica las graves modificaciones del paisaje urbano.

[344]​[345]​[346]​ En sus más 470 años de historia la Universidad Nacional Mayor de San Marcos ha visto transitar en sus instalaciones a numerosos alumnos, catedráticos, investigadores, decanos y rectores que han destacado en el ámbito local, nacional, latinoamericano y mundial.

Además de ellos, entre las principales figuras que han recibido este reconocimiento sanmarquino durante los siglos XX y XXI destacan el papa Juan Pablo II, el presidente francés Charles de Gaulle, el escritor argentino Jorge Luis Borges, los investigadores Alberto Barton, Germán Berríos, y Maria Reiche, los secretarios generales de Naciones Unidas Javier Pérez de Cuéllar y Ban Ki-moon, y los laureados con el Premio Nobel: Albert Einstein, Peter Agre, Peter C. Doherty, Pablo Neruda, Camilo José Cela, Mario Vargas Llosa, Muhammad Yunus, Adolfo Pérez Esquivel, Peter Diamond, Robert C. Merton, Eric Maskin, Cristóbal Pissarides, entre otros.

Junto a la Universidad Peruana Cayetano Heredia y la Pontificia Universidad Católica del Perú, es una de las tres únicas universidades peruanas que han llegando a ocupar la 1.era posición a nivel nacional en determinadas ediciones de las clasificaciones académicas internacionales, tales como en los QS World University Rankings de Quacquarelli Simonds,[28]​[29]​ el University Ranking by Academic Performance del URAP Research Laboratory,[30]​[31]​[32]​ el Webometrics Ranking of World Universities del Consejo Superior de Investigaciones Científicas[33]​[34]​ y el University Web Ranking de 4 International Colleges & Universities;[35]​ siendo a la fecha la única universidad pública peruana en haber alcanzado en determinadas ocasiones dicha ubicación.

[24]​[25]​ La Universidad de San Marcos ha tenido mucha importancia en la actividad deportiva universitaria del Perú.

Paralelo a esto, la universidad cuenta con varios equipos que participan en las ligas nacionales y regionales de distintos deportes.

[424]​ En dicho torneo, la Federación Universitaria obtuvo su primer título nacional, al finalizar el campeonato con siete victorias, tres empates y una derrota, alcanzando diecisiete puntos.

[424]​ Carlos Cillóniz, futbolista de Universitario, anotó ocho goles, convirtiéndose en el máximo goleador del campeonato.

[425]​ En 1930 se llevó a cabo la primera Copa del Mundo en Montevideo, Uruguay, y la selección peruana asistió a dicho acontecimiento con una plantilla en la que destacaba la presencia de ocho futbolistas del cuadro universitario: Eduardo Astengo, Carlos Cillóniz, Luis de Souza Ferreira, Alberto Denegri, Arturo Fernández, Plácido Galindo, Jorge Góngora y Pablo Pacheco.

Al cabo de unos años, el naciente equipo ascendería rápidamente en las ligas distritales y regionales hasta alcanzar la Segunda División del Perú.