En la práctica, este acuerdo garantizaba al reino portugués que los españoles no interferirían en su ruta del cabo de Buena Esperanza, y viceversa: los primeros no lo harían en las recientemente descubiertas Antillas.

Allí fue interrogado por el rey Juan II y lo puso al corriente de sus descubrimientos.

Isabel y Fernando, por su parte, negaron tal pretensión aduciendo que la navegación se había efectuado siempre al oeste, «y no al sur de Canarias».

El día 15, Colón regresó al puerto de Palos y el mes siguiente fue recibido en Badalona por los reyes.

Para afirmar la soberanía castellana sobre los territorios recién hallados por Colón, Isabel y Fernando solicitaron ayuda al papa Alejandro VI (Rodrigo Borgia), que había sido elegido en agosto de 1492 y con el que tenían una larga relación de favores mutuos.

En ellas estableció que pertenecerían a la corona de Castilla las tierras y mares al oeste del meridiano situado a 100 leguas al oeste de las Azores y Cabo Verde.

No obstante, en una carta escrita en agosto de 1493 Colón informó a los reyes que los portugueses habían enviado una carabela desde Madeira hacia el oeste.

Los Reyes Católicos defendieron la nueva situación con la misma firmeza que los portugueses habían defendido el Tratado de Alcáçovas, pues su situación ya no era precaria, al contar con el apoyo papal y la paz firmada con el rey de Francia.

[9]​ El Tratado indicaba que se solicitaría su confirmación por la Santa Sede pero también estipulaba claramente que ninguna de las partes podría ser dispensada de cumplirlo alegando el «motu proprio» papal.

[10]​ El papa Alejandro VI nunca confirmó el Tratado y hubo que esperar a que Julio II lo hiciese por medio de la bula Ea quae pro bono pacis en 1506.

Al norte del cabo Bojador, ambos países podían pescar y asaltar la costa.

La demarcación del límite nunca se realizó y cada parte interpretó el tratado a su conveniencia.

Lo mismo ocurría entre los portugueses, entre los cuales había opiniones de 18, 20 o 25 leguas por grado.

Esto requería velocidades constantes y además no había relojes precisos.

Entonces se creía que, si se navegaba sobre la superficie terrestre manteniendo una dirección fija con la brújula, la trayectoria recorrida era un círculo máximo, y un navío que siguiese un rumbo fijo, llegaría a dar la vuelta al mundo volviendo al punto de partida.

Este concepto se refleja en la utilización de la palabra derecha en el tratado.

Pedro Nunes fue el primero en señalar la falsedad de esa creencia y descubrir las líneas loxodrómicas, que presentó al publicar en 1537 en los volúmenes: Tratado sobre navegación marítima y Tratado sobre algunas dudas de la época sobre navegación marítima.

De acuerdo a estas consideraciones, la línea del tratado quedaba establecida a los 42°25'O, pero creía que el tamaño de la esfera terrestre era un 21,1 % más grande del que es en realidad.

El mapa utilizado por la parte española fue el Totius Orbis Descriptio Tam Veterum Quam Recentium Geographorum Traditionibus Observata Novum de Juan Vespucio, impreso en Italia en 1524.

Cuando los portugueses fundaron la Colonia del Sacramento en la margen izquierda del río de la Plata en 1680, el gobernador de Buenos Aires reaccionó arrasando la colonia, por lo que Portugal reclamó ante la Corona española.

De acuerdo a las cartas holandesas, Colonia del Sacramento quedaba en territorio español, pero según las portuguesas, la línea podía pasar: 13 leguas al occidente (si se tomaba la isla San Antonio) o 19 al oriente (si se tomaba San Nicolás).

No habiendo acuerdo, se dispuso trasladar al papa la decisión.

España envió a Roma al duque de Jovenazo, pero Portugal no envió a nadie y el papa dejó transcurrir el plazo de un año fijado para laudar.

En otros casos, los mapas se falsificaban corriendo la tierra hacia el este para incluirla en la zona portuguesa, como pudo haber ocurrido en el Planisferio de Caverio dibujado entre 1504-1505.

Así, a partir de 1580 los comerciantes y colonos portugueses podían establecerse sin preocupaciones más allá del citado meridiano, penetrando profundamente en la selva brasileña.