Alonso de Alvarado rechazó de mal modo el ofrecimiento; apresó incluso a los mensajeros y respondió que no negociaría nada con Almagro hasta no recibir expresa orden del gobernador Francisco Pizarro, quien era su superior y el único a quien debía lealtad.
Pedro de Lerma se puso en tratos secretos con los almagristas, a quienes ofreció pasarse con 50 soldados bajo su mando.
Almagro aprovechó entonces la ocasión para asaltar el puente que defendía Gómez de Tordoya, cuyos soldados se dispersaron sin oponer resistencia seria.
Se armó una discusión que terminó en un altercado; finalmente, temiendo un atentado, Almagro montó su caballo y regresó a Chincha.
Sin embargo, los almagristas descuidaron la defensa, y Hernando logró mediante un rodeo ganar el otro lado de la sierra.
Apenado por tal revés, Almagro y sus tropas enrumbaron a marchas forzadas hacia el Cuzco, para defenderla del avance pizarrista.
Lerma, por su parte, se retiró del campo gravemente herido y poco después sería asesinado en su lecho.
Almagro sería luego procesado sumariamente y condenado a muerte por decapitación; pero como la sentencia provocó protestas en el Cuzco, Hernando ordenó que fuera ahorcado en su celda.
Los almagristas pasaron luego a Huamanga, donde fabricaron cañones, labor que dirigió el artillero Pedro de Candía.
Reemprendieron luego la marcha hacia el sur y arribaron finalmente al Cuzco, donde Almagro fue recibido apoteósicamente, confirmándosele como Gobernador del Perú.
Este obsequió a Almagro numerosas corazas y armamentos españoles que guardaba como trofeos de su sublevación.
Fueron contenidos por los guerreros chachapoyas y a los mitmas de Huamanga, valiosos aliados indígenas del bando realista.
Esto molestó tanto a Almagro, quien al fin quedó convencido de que no tenía otra opción sino las armas.
Sorprendido, Almagro envió chasquis a Manco Inca solicitándole urgentemente la presencia de sus guerreros, pero ya era tarde.
Como última opción, Almagro intentó dar un rodeo para avanzar hacia Huamanga, pero dicha maniobra ya no era posible.
En efecto, cuando los realistas avanzaron en línea recta hacía las posiciones almagristas, empezaron a tronar los cañones rivales, amenazando con despedazarlos.
Luego él mismo acomodó uno de los cañones e hizo fuego, barriendo a una columna realista.
Carvajal quiso adelantar los cuatro falconetes con que contaba su ejército para oponerlos a la poderosa artillería almagrista.
Esa decisión cambio el curso de la acción pues hasta entonces la victoria parecía sonreír a los almagristas.
Algunos pocos almagristas que lograron fugar se refugiaron en las montañas de Vilcabamba, siendo acogidos por Manco Inca.
Almagro el Mozo pretendió asilarse con los Incas de Vilcabamba, pero fue capturado y trasladado al Cuzco.
Apeló al Rey la sentencia o en su defecto a la Audiencia de Panamá, pero se le denegó el derecho.
Después de confesado y comulgado, Almagro el Mozo marchó al patíbulo con serenidad, mientras alguien pregonaba que iba a la muerte por traidor.
Ya en el cadalso pidió como última gracia ser enterrado junto a su padre, lo que se aceptó.
Años después dicho lugar acogería el cuerpo de un tercer degollado por traición: Gonzalo Pizarro.
Entonces continuó hacia Quito donde se enteró de que el Virrey había avanzado más al norte, hasta Popayán.
Gonzalo Pizarro fue tomado preso, al igual que su lugarteniente Francisco de Carvajal y los demás capitanes rebeldes.
Todos fueron decapitados al siguiente amanecer, a excepción de Carvajal, que por ser plebeyo fue ahorcado.
Pero aun así las revueltas continuaron, por la cantidad de aventureros españoles que seguían afluyendo al Perú.
Muchos descontentos que residían en el Cuzco pasaron a Charcas (actual Bolivia) donde fraguaron una nueva rebelión, pero Mendoza ya no se enteraría de ello.