Contrajo matrimonio con María de Quiñones, con quien tuvo ocho hijos.

Prosiguió por tierra hasta Cali, adonde llegó fatigadísimo y enfermo.

Prosiguió el camino al Perú y se detuvo en Quito.

Pasó luego a Portoviejo, Piura, Trujillo, Huaylas y Huaura, donde se unió con las fuerzas del mariscal Alonso de Alvarado y del capitán Pedro Álvarez Holguín.

Luego se trasladó a Jauja, donde quedaron concentrados todos los soldados leales al Rey, que sumaban unos 700 hombres.

Apresado Almagro El Mozo, el gobernador procedió a instaurarle proceso sumario y dispuso que fuera degollado.

La Corona resolvió entonces enviar un Virrey al Perú, con el encargo de hacer cumplir las ordenanzas.

Resultó perjudicado por los informes remitidos por Blasco Núñez Vela y por una carta enviada a su mujer, con los tesoros y el dinero acumulados durante su gestión, en la que le recomendaba ocultar todo "porque mientras menos vieren el rey y sus privados más mercedes me harán".

Diez años permaneció recluido; pero a la postre logró su plena absolución.