En este último, al quedar dividido el territorio entre las gobernaciones de Nueva Castilla y de Nueva Toledo, tuvo que formar parte de uno y otro bando en las guerras civiles entre conquistadores por razones jurisdiccionales, al pretender sus gobernadores respectivos: el marqués Pizarro y el adelantado Almagro, el dominio del Cuzco.

Perálvarez Holguín pasó a la América española en el año 1536, junto al fray Jerónimo Becerra y a Antonio de Carvajal, a través de la ciudad de Panamá, y llegaba al Perú en el momento en que Francisco Pizarro, gobernador de Nueva Castilla, pedía auxilios a las demás regiones centro y sudamericanas para reprimir la gran rebelión que había impulsado el soberano inca vasayo Manco Cápac II.

Perálvarez recién arribó a la misma ciudad entre los meses de junio o julio.

[9]​ En el mes de septiembre partió como capitán general con sus hombres hacia el interior del Perú, para apoyar a los españoles que estaban desde el pasado 3 de mayo sitiados en el Cuzco por dicho rebelde incaico y su gente.

Álvarez Holguín, desempeñando la misión de los «chunchos» que le encargara Pizarro, no aceptó dicha arbitrariedad y juró vengar la muerte del caudillo pizarrista.

El pesquisidor Vaca de Castro venía con facultades para reemplazar al asesinado marqués-gobernador Francisco Pizarro.

[16]​ La muerte de Diego de Almagro y posteriormente la de Francisco Pizarro habían agravado los enfrentamientos hegemónicos que se presentaron al principio y, como ambos bandos pugnaban por hacerse con el control del territorio, la Corona tuvo que tomar cartas en el asunto.

[9]​ Si bien el capitán Perálvarez de Holguín nunca se casó,[19]​ se había amancebado[20]​ hacia 1537 en el Cuzco de la entonces gobernación de Nueva Toledo —que desde 1542 pasó a formar parte del nuevo gran Virreinato del Perú— con la no muy bien documentada ñusta o princesa incaica[21]​ Beatriz Túpac Yupanqui[20]​ o bien Huallpa Túpec (n. ca.

1521), una supuesta hija del efímero primer soberano inca Túpac Hualpa[21]​ (n. ca.

1500) que estuvo bajo el dominio del Imperio español, además de prima de la mestiza Francisca Pizarro Yupanqui, sobrina de Inés Huaylas Yupanqui y de los sucesivos IV y V emperadores incas Huáscar y Atahualpa, nieta del III emperador Huayna Cápac y por lo tanto, una bisnieta del II emperador Túpac Yupanqui.

De la unión entre el capitán Pedro Álvarez Holguín y la princesa inca Beatriz Túpac Yupanqui hubo, por lo menos, tres[19]​ hijos ilegítimos: En la galería de doble del museo histórico Mariscal Andrés A. Cáceres de Ayacucho se exhibe una de las mejores esculturas de piedra del virreinato peruano, llamada por la tradición popular como «Cheqo Pacheco», que data del siglo XVI y se supone que representa al conquistador Pedro Álvarez Holguín.