A fines de 1541 se anunció la inminente llegada al Perú del Juez Visitador Cristóbal Vaca de Castro, enviado por la Corona española para pacificar el territorio y quien se hallaba ya en Quito.

Se sublevaron entonces Pedro Álvarez Holguín en el Cuzco y Alonso de Alvarado en Chachapoyas, sumándose ambos al bando del Rey.

Los almagristas pasaron luego a Huamanga, donde fabricaron cañones, labor que dirigió el artillero Pedro de Candía.

Reemprendieron luego la marcha hacia el sur y arribaron finalmente al Cuzco, donde Almagro fue recibido apoteósicamente, confirmándosele como Gobernador de Nueva Castilla.

Este obsequió a Almagro numerosas corazas y armamentos españoles que guardaba como trofeos de su sublevación.

Reforzado así y con buen ánimo, Almagro el Mozo continuó su marcha ordenadamente.

Fueron contenidos por los guerreros chachapoyas y los mitmas de Huamanga, valiosos aliados indígenas del bando realista.

No obstante, el Mozo estuvo dispuesto a continuar las negociaciones, hasta que decidió suspenderlas al enterarse de que el Visitador realizaba otras conversaciones paralelas con oficiales almagristas para empujarlos a la traición.

Sorprendido, Almagro envió chasquis a Manco Inca solicitándole urgentemente la presencia de sus guerreros, pero ya era tarde.

Como última opción, Almagro intentó dar un rodeo para avanzar hacia Huamanga, pero dicha maniobra ya no era posible.

Se hizo fuerte en las lomas que dominaban la llanura de Chupas y esperó.

En efecto, cuando los realistas avanzaron en línea recta hacía las posiciones almagristas, empezaron a tronar los cañones rivales, amenazando con despedazarlos.

Almagro sospechó entonces que su capitán de artilleros Pedro de Candía se había vendido al enemigo, y que por ello hacía intencionadamente disparos muy elevados; furioso, se arrojó contra aquel y lo mató a lanzazos.

Luego él mismo acomodó uno de los cañones e hizo fuego, barriendo a una columna realista.

Carvajal quiso adelantar los cuatro falconetes con que contaba su ejército para oponerlos a la poderosa artillería almagrista.

Esa decisión cambio el curso de la acción pues hasta entonces la victoria parecía sonreír a los almagristas.

Lo que hacía más feroz la lucha era el hecho que esta decidía quienes serían los amos del Perú y de sus riquezas, y los derrotados inevitablemente terminarían sino muertos en el campo, ajusticiados.

Lo notorio de esta batalla fue que el número de muertos del bando real fue mayor al del bando almagrista; entre ellos se contaba el ya mencionado Pedro Álvarez Holguín.

Los restos, cayeron a manos de los indígenas lugareños (mitmas), quienes los mataron y saquearon sin compasión; los heridos fueron dejados desnudos, a la intemperie, donde terminaron por morir congelados por el frío de la noche.

Algunos pocos almagristas que lograron fugar se refugiaron en las montañas de Vilcabamba, siendo acogidos por Manco Inca.