Almagro el Mozo fue proclamado gobernador del Perú y Balsa fue investido como capitán del ejército rebelde, con el que salió de Lima rumbo a la sierra; en Huarochirí enfermó Juan de Rada quien tuvo entonces que dejar el mando del ejército, llegándose a decir que Balsa lo había envenenado.
Alvarado se lo creyó, más todavía cuando Balsa le prometió traerle el nombramiento que ya estaba firmado por Almagro.
Como en efecto ocurrió ello, Pedro de San Millán organizó un banquete para festejar el acontecimiento, pero Almagro el Mozo no asistió aduciendo estar enfermo, por lo que fue Alvarado a preguntar por su salud.
Almagro el Mozo aprovechó entonces para dar a Alvarado una cuchillada en la cabeza, mientras que dos de sus partidarios lo remataban.
Como premio, Almagro invistió a Balsa definitivamente como Capitán General y poco después salió al mando del ejército almagrista para enfrentarse a Vaca de Castro, que avanzaba con una fuerza de 500 hombres leales al Rey.