La gobernación tenía como límite oriental a la línea del Tratado de Tordesillas, la cual para los españoles se hallaba a los 46º 37’ O, por lo que se le otorgaba un pequeño trecho de costa en el océano Atlántico.
Confinaba por el sur con la gobernación de Nueva Andalucía, otorgada a Pedro de Mendoza, un poco al sur de Taltal a los 25° 31' 26" S. Al occidente se hallaba el océano Pacífico.
En 1535 Almagro realizó una expedición hacia el sur (al actual Chile), recorriendo durante dos años su gobernación en busca de riquezas, las cuales no halló, encontrando estériles desiertos y la hostilidad de sus habitantes.
Por esta razón, Almagro y su ejército regresaron al Cuzco en 1537, ocupando esa ciudad, por considerar que pertenecía a su gobernación, y triunfando en la batalla de Abancay, ocurrida el 12 de junio de 1537, haciendo prisioneros a Hernando y Gonzalo Pizarro.
Tras la muerte de Almagro, Pizarro autorizó a Pedro de Valdivia, al que nombró teniente gobernador, para conquistar y poblar Chile.