Aunque en el orbe católico la Iglesia renacentista se caracterizó por su enorme influencia, inmenso poder y excesivo boato, en Indias, no obstante, se dieron muchos casos de manifiesta humildad y completa entrega para cumplir con los postulados de Cristo.
Si por un lado había curas disolutos y prelados ambiciosos que desentonaban con sus acciones, por otro, los verdaderos apóstoles evangelizadores no escatimaron esfuerzos y se sacrificaron para cumplir con su dignísima tarea y muchos de estos dieron su vida para llevar la fe y apaciguar a las numerosas tribus de esos nuevos territorios que había descubierto Cristóbal Colón.
Pero mucho antes de estas reformas virreinales, los conquistadores del Perú estaban desorientados en su forma de proceder para convivir pacíficamente y crear una sociedad condescendiente y próspera.
A fray Gerónimo, entonces le faltó tacto, coraje y valentía para oponerse a las apetencias y decisiones de Gonzalo Pizarro, ya que no obvió firmar el acta por la que los revoltosos nombraban a Gonzalo gobernador de Perú; ni tampoco escabullirse cuando este le envió a España de emisario ante el rey para solicitar formalmente la gobernación del territorio.
Por los hechos apuntados y otros parecidos que, con razón o sin ella, los peruleros le colgaron al arzobispo durante su estancia patriarcal en aquellas tierras, tales como el desmedido lujo y riqueza de los ornamentos que componían el ajuar de la catedral, el haber aprobado el trabajo de los indígenas en minas subterráneas, prestarse a dirigir la campaña represiva contra el rebelde Francisco Hernández Girón, además de la fama que se ganó de autoritario y entrometido, su papel patriarcal no ha tenido la resonancia que debiera en los anales de la Iglesia peruana.
No obstante a tener estos criticables defectos y cometer acto de intromisión en la política virreinal, a su manera pudo enfocar decisiones atinadas que suavizaron las desacertadas posiciones que mantuvo en algunas ocasiones de su vida apostólica.
Si fue denostado por los limeños ricos, por aquel reparto de encomiendas que le encargara La Gasca, los indígenas y los menos favorecidos que pululaban por Lima, siempre encontraron en el arzobispo, o en sus instituciones, remedio y consuelo a sus necesidades.