El proyecto panameño de Gutiérrez fracasó, por lo que este decidió pasar al Perú, adonde lo acompañó el joven Hernández Girón.

En su vuelta hacia Lima, Núñez Vela desembarcó en Tumbes y marchó hasta Quito, formando un pequeño ejército.

En esa batalla, Hernández Girón intervino a favor del virrey y cayó prisionero, pero Gonzalo lo puso en libertad y Hernández Girón retribuyó su servicio e intervenía militarmente al lado del caudillo en todo el proceso de la rebelión pizarrista.

Apoyado por otros inconformes, Hernández Girón presentó un escrito al corregidor de Cuzco para que abandonase la ciudad, pero el funcionario hizo caso omiso a los requerimientos del rebelde y rompió el memorial sin leerlo.

La Real Audiencia no desistió del intento, pero el rebelde rehízo sus efectivos y nuevamente se enfrentó a las fuerzas reales del mariscal Alonso de Alvarado y las venció en la batalla de Chuquinga.

Las autoridades de Lima y el pueblo peruano ya habían sufrido bastantes descalabros con el alzamiento de Gonzalo Pizarro y no deseaban verse envueltos en más discordias fraternas, promovidas por los descontentos que seguían pensando en abolir las Leyes Nuevas.