Entonces Lorenzo abandonó las filas almagristas y tomó partido por el bando de Francisco Pizarro, integrándose en sus filas y en donde se destacara atinadamente en todas las misiones que se le encomendaban.
En 1543 Aldana estaba avecindado en Lima y al año siguiente fue nombrado justicia mayor de la capital.
Cuando Aldana iba camino de España a cumplir el encargo de Gonzalo, pasó por Panamá y se encontró con el enviado especial del rey, Pedro de la Gasca, que venía con poderes reales especiales para castigar a los revoltosos que no querían acatar las leyes nuevas.
La Gasca logrará convencer a Lorenzo y enrolarlo en sus filas.
Se avecindó en Charcas (actual Sucre) como encomendero y cobrador tesorero de indios, donde vivió hasta 1559.