En la corte flamenca coincidió con la gente del grupo de Fonseca, cuya relación le servirá de mucho en su futuro político; así como también debió entablar amistad con los propios flamencos, cercanos a don Carlos V, dado que los mercaderes burgaleses y, en concreto su familia, tenían asentados factores en aquella capital desde bastantes años antes.
A partir de este momento su carrera política iniciaría un notable ascenso en el que se irán escalonando múltiples tramos que le llevarán por último a la gobernación de Santa Marta.
Y al mismo tiempo Diego Colón le vende el alguacilazgo Mayor de La Española durante seis años.
Con el vinieron sus dos sobrinos, Juan y Pedro de Lerma Polanco.
García de Lerma no supo llevar a feliz término la pacificación de una tierra , en la que los indígenas y españoles estaban más bien predispuestos a la guerra .