Tuvo dos hermanos, Juan y Bernardino; primo suyo fue el reformador benedictino García Jiménez de Cisneros.
Terminó sus estudios en filosofía, teología, derecho civil y canónico en el Colegio Mayor de San Bartolomé en Salamanca.
En 1500 comenzó a mandar misioneros castellanos al Nuevo Mundo, especialmente de su orden, los Frailes Menores.
[6] Desde su elección como arzobispo de Toledo, Cisneros puso un gran empeño en recuperar los textos del oficio y misa del rito mozárabe o hispánico, que fue una liturgia de la Iglesia católica que se consolidó en torno al siglo VI en la península ibérica, en el Reino visigodo de Toledo, y que fue practicada en los territorios hispánicos hasta el siglo XI, tanto en áreas bajo dominio cristiano como musulmán.
[16] Para dar legalidad al nombramiento como regente de Fernando el Católico, el Consejo Real y Cisneros buscaron encauzar el vacío de poder con la convocatoria de Cortes, pero la reina se negó a convocarlas, y los procuradores abandonaron Burgos sin haberse constituido en asamblea.
Agradecido con Cisneros, el Rey Católico le consiguió el capelo cardenalicio con el título de Santa Balbina.
Organiza eclesiásticamente los territorios conquistados y dio nombre a Villa Cisneros.
Durante su vida participó, en mayor o menor medida, en todo lo que se hizo durante el reinado de los Reyes Católicos y contribuyó de forma decisiva a la configuración del nuevo Estado.
Reformó la vida religiosa, que había caído en una gran relajación moral y precariedad intelectual [cita requerida].
Supo ver que toda renovación empezaba por la educación y, sin ser un erudito, fundó en Alcalá de Henares una de las instituciones que más ha influido en la cultura española: la Universidad Cisneriana.
[21] Además sustituyó el deteriorado templo medieval de San Justo por un bello edificio gótico.
No obstante, el sepulcro, obra de Domenico Fancelli y Bartolomé Ordóñez, se halla hoy día en la capilla de San Ildefonso, adscrita al antiguo Colegio Mayor del mismo nombre.
Uno de sus máximos afanes culturales fue la edición de una Biblia que reuniera las versiones en sus idiomas originales, hebreo, arameo, griego, junto a su traducción latina: Es la llamada Biblia políglota complutense.
El Papa León X autorizó la Biblia en 1520, y se distribuyó a partir de 1522.
[23] Hasta sus últimos días Cisneros siguió trabajando en la reforma de la Iglesia.
Por disposición testamentaria, Cisneros queda constituido nuevamente como regente del Reino de Castilla hasta que el joven príncipe Carlos, que se encontraba entonces en Flandes, viniera a España para ocupar el trono.
Supo hacer frente a un clima interior extremadamente inestable, con los nobles castellanos ávidos de recuperar el poder perdido.
Cuando se descubrió el error en el rumbo, Carlos y sus consejeros deliberaron sobre si continuar el viaje por mar o desembarcar allí mismo.
La actitud del joven rey fue considerada como un acto de desprecio hacia el anciano cardenal.
Se elaboraron las pruebas testificales en Alcalá de Henares, Torrelaguna, Madrid, Toledo y Orán.
Clemente XIV (franciscano conventual), puso fin al proceso de canonización.
No habiéndose documentado el encargo de la obra ni la autoría, la datación ha sido discutida, proponiéndose fechas que van de 1502 a 1515 y 1518, año este último en que Domenico Fancelli recibe el encargo del sepulcro y a Fernando del Rincón se le pagan 500 maravedís por «cierta pintura dando lustre a la medalla del cardenal».
En Madrid capital se le dedica una rotonda en la Ciudad Universitaria, donde arranca la Avenida Complutense.