[1]​ En 1486 fue nombrado tutor del príncipe Juan, hijo de los Reyes Católicos, y se introdujo en la vida de la Corte, renunciando a su cátedra.

Algunos historiadores le atribuyen un papel decisivo como mediador de Cristóbal Colón ante los Reyes Católicos.

Como también en 1512 para que el inquisidor Alonso Manso, primero consagrado en América y Puerto Rico, fuera con su familia a esa isla.

Tras la muerte del monarca ese mismo año, Deza intentó infructuosamente recuperar la dignidad de inquisidor general, ya que en 1507 Fernando el Católico nombró para el cargo al cardenal Cisneros.

En 1512 convocó un concilio provincial en el que ordenó colocar públicamente en todas las parroquias de su jurisdicción tablas en las que estuviesen escritos los principales artículos de la fe para que los sacerdotes las leyeran y explicaran a sus parroquianos y contribuir así a la formación religiosa popular, iniciativa considerada como de los primeros impulsos dados al programa catéquico desarrollado durante el siglo XVI.

No obstante, Adriano VI promulgó las bulas que lo confirmaban en su dignidad.