Para descubrir y acabar con todos los falsos conversos, en 1478, los reyes solicitaron bula papal para la creación del Tribunal de la Inquisición del Santo Oficio, como dependencia directa de la Corona.
En un principio, la actividad inquisitorial se limitó a las diócesis de Sevilla y Córdoba, donde se sospechaba que habría detectado el foco de conversos judaizantes.
En 1484 Torquemada redactó el reglamento común que debía guiar las acciones de los inquisidores.
Tras la gran repercusión social de este asesinato, la población comenzó a colaborar con el papado.
Para evitar la propagación de las herejías, Torquemada, al igual que se hacía en toda Europa, promovió la quema de literatura no católica, en particular bibliotecas judías y árabes.
Juan Antonio Llorente, primer historiador del Santo Oficio, asegura que durante su mandato fueron quemadas más de diez mil personas y un número superior a otras cien mil sufrieron penas infamantes.
[20] Henry Kamen ofrece otras cifras y considera que, hasta 1530, el número de personas ejecutadas por la Inquisición fue alrededor a dos mil.