El Cardenal Cisneros la proyectó en 1499, al fundar la ciudad universitaria de Alcalá.

[3]​ El arquitecto Pedro Gumiel fue el encargado de su diseño, mediante una estructura ortogonal con distribución en "islas" (manzanas).

La ciudad universitaria se construyó en el sector oriental del recinto amurallado de la ciudad, tras su segunda ampliación.

En ella se instalaron varios colegios universitarios, así como una serie de edificios auxiliares: viviendas para los profesores, imprentas y librerías, cárcel, carnicería, etc.[5]​ Tras el cierre de la Universidad de Alcalá en 1836, se subastaron sus instalaciones, siendo expoliadas.

Hasta que en 1977 se volvió a abrir la Universidad de Alcalá, instalando su Rectorado y gerencia en este conjunto arquitectónico histórico.