En las obras citadas, prevalece una mezcolanza de estilos, desde el gótico tardío al Renacimiento, pasando por elementos constructivos y ornamentales del mudejarismo, etc. Se realizó asimismo un patio principal en ladrillo, que luego sería sustituido por el famoso Patio, hoy llamado de Santo Tomás de Villanueva, obra ya realizada en el siglo XVII.Junto a estos medallones, las esculturas de atlantes, alabarderos, y una gran galería superior con ventanas, realizadas por el imaginero Claudio entre 1542 y 1548,[11] aportan un característico aire clásico a la obra, si bien, esta no sigue cánones o reglas vitrubianas.[12][13][14][15][16] La calle central de la fachada del edificio está rematada por una imagen del Pantocrátor sobre la cual se colocó una inscripción con el monograma XPS (Christus) e inmediatamente debajo se esculpió un gran escudo imperial de Carlos V, realizado por el escultor salmantino Juan Guerra en 1552.Del antiguo patio de Filósofos, citado entre otros por Quevedo en el Buscón, poco queda al haber sido empleado en el siglo XIX para usos industriales tras el cierre de la Universidad.A continuación, el Patio Trilingüe —que perteneció al Colegio de San Jerónimo, levantado entre 1564 y 1570 por Pedro de la Cotera—, que recibe este nombre por haber acogido a estudiantes de latín, griego y hebreo, es un característico espacio renacentista, en dos cuerpos, cuya balaustrada en gran medida se ha perdido.Contiguo al Paraninfo y a la Hostería del Estudiante, cierra el edificio por su parte meridional.Y en su capilla se celebraban la mayoría de los actos religiosos institucionales.[31] En 1914 fue declarado Monumento nacional, con código RI-51-0000132, a su fachada y primera crujía.[36][37] El Museo Luis González Robles fue inaugurado en octubre de 2004, a partir del legado que Luis González Robles donó a la Universidad de Alcalá.
