La revuelta anti-angevina en la isla, motivada por la excesiva presión fiscal del nuevo gobierno francés, no tuvo consecuencias políticas inmediatas, pero fue el primer paso hacia la posterior guerra de las Vísperas sicilianas.

Desde las primeras invasiones longobardas, buena parte de la economía del reino, en el Principado de Capua, en Abruzo y en el Condado de Molise, era gestionada por los monasterios benedictinos (Casauria, San Vincenzo al Volturno, Montevergine, Montecassino), que en muchos casos habían acrecentado sus privilegios hasta convertirse en auténticos señoríos locales, con soberanía territorial y en contraste con los feudatarios laicos vecinos.

En torno al siglo XII, derrotado Anacleto II, Inocencio II y los normandos incentivaron en Italia meridional el monaquismo cisterciense; muchos monasterios benedictinos fueron convertidos a la nueva regla que, limitando la acumulación de bienes materiales a lo necesario para la producción artesanal y agrícola, excluía la posibilidad de que los nuevos cenobios constituyeran patrimonios y señoríos feudales: el nuevo orden investía así el carácter favorable a reformas agrarias (bonificas, granjas), artesanado, mecánica y asistencia social, con valetudinaria (hospitales), farmacias e iglesias rurales.

Concedió también nuevos condados y ducados a los militares franceses que sostuvieron su conquista del trono siciliano.

Con su muerte no concurrieron sucesores a continuar sus empresas y los confines del reino volvieron al perímetro histórico.

Juana quedó como monarca en 1419, pero los angevinos franceses no abandonaron sus pretensiones al trono napolitano.

Los aragoneses liberaron la capital en 1423, ocuparon el reino y alejaron la amenaza francesa; las relaciones con la corte local, empero, no fueron fáciles, tanto es así que Juana, expulsado Alfonso V, a su muerte dejó en herencia el reino al hermano de Luis III, Renato de Anjou.

La nobleza de la ciudad lombarda, temiendo la anexión al reino de las Dos Sicilias, proclamó a Milán comuna autónoma, instaurando la República Ambrosiana; a las consecuentes reivindicaciones aragonesas y napolitanas se opuso Francia, que en 1450 dio el sostén político a Francesco Sforza para apoderarse militarmente de Milán y el ducado.

Estas providencias resolvieron la economía de las ciudades interiores entre L'Aquila y Apulia: los réditos económicos ligados al pastoreo trashumante del Apenino abrucés un tiempo se dispersaban en los Estados Pontificios, donde hasta entonces invernaban; con las providencias aragonesas, las actividades ligadas a la trashumancia se desarrollaron, prevalentemente entre los confines del reino, las actividades artesanales locales, los mercados y los foros entre Lanciano, Castel di Sangro, Campobasso, Isernia, Boiano, Agnone, Larino hasta el Tavoliere, y el aparato burocrático organizado en torno a la aduana, predispuesto al mantenimiento de los caminos y a la tutela jurídica de los pastores, deviene, sobre el modelo del Concejo de la Mesta ibérico, la primera base popular del Estado centralizado moderno en las Dos Sicilias.

Los intelectuales napolitanos acogieron el programa cultural fiorentino, reinterpretando en modo original los estereotipos de la tradición toscana.

A don Ferrante le sucedió su primogénito Alfonso II de Sicilia Citerior en 1494.

El expansionismo francés empujó también al papa Alejandro VI y Maximiliano de Austria a formar una liga contra Carlos VIII, para combatirlo.

[20]​ La casa real aragonesa convertida en italiana se había extinguido con Federico y Nápoles cayó bajo el control de la Monarquía Hispánica, que instituyó un virreinato.

La operación militar terminó con éxito y los puertos pulleses retornaron en 1509 al reino de Nápoles.

Su obra se limitó principalmente a operaciones militares contra las incursiones turcas en Calabria de Amurat Rais y Sinan Pascià.

Pocos años antes (1576) en Nápoles fue procesado por herejía también otro dominico, el filósofo Giordano Bruno, cuyas especulaciones y tesis fueron admiradas sucesivamente por diversos estudiosos de la Europa luterana.

[24]​ Ruiz de Castro inauguró además una política centrada en la financiación estatal para la construcción de diversas obras públicas: en Nápoles dispuso la construcción del nuevo palacio real en la actual Plaza del Plebiscito.

Para prevenir las agresiones otomanas condujo una guerra contra Albania, destruyendo Durazzo, donde buscaban asilo los piratas turcos y albaneses que agredían las costas del reino.

Floreció bajo su regencia la Academia de los Ociosos, a la cual adhirieron entre otros Marino y Della Porta.

Debieron afrontar el problema de un bandidaje en las provincias cada vez más difundido y radicado.

En esta ocasión, en el Mezzogiorno comenzó a emerger una conciencia civil políticamente organizada, transversalmente compuesta tanto de los aristócratas como de los pequeños comerciantes y artesanos ciudadanos, declarada contra los privilegios y las inmunidades fiscales del clero (la relativa corriente jurídica es conocida a los historiadores como anticlericalismo napolitano) y deseosa de afrontar el bandolerismo.

Tal posición política llevó al partido germanófilo napolitano a un explícito papel hispanófobo, seguido por la revuelta conocida como conjura de Macchia, luego fallida.

El inicio del dominio austriaco está caracterizado por tener que afrontar una situación financiera desastrosa, realizando una profunda reforma en las jerarquías políticas del Estado napolitano, a la cual siguió un discreto desarrollo de los principios ilustrados y reformadores.

Fueron desde entonces difundidos en Nápoles, los textos cartesianos, las obras de Spinoza, Giansenio, Pascal y las expresiones de la cultura tornan en directo contraste con el clero ciudadano, sobre la senda del anticlericalismo napolitano, ya abierta por juristas famosos como Francesco d'Andrea, Giuseppe Valletta y Costantino Grimaldi.

Excomulgado por el arzobispo de Nápoles, encontró refugio en Viena, sin poder volver más a Italia meridional.

Los primeros virreyes austriacos fueron Georg Adam von Martinitz y Virico Daun, seguidos por la administración del cardenal Vincenzo Grimani que, favorable a los círculos anticlericales napolitanos, realizó la primera política de saneamiento financiero, intentando reducir el gasto del gobierno y el secuestro de las rentas de los feudatarios meridionales que, seguido a la ocupación austriaca, eran contumaces.

Los virreyes que lo sucedieron (Carlo Borromeo Arese y Daun al segundo mandato) encontraron un leve balance positivo en las entradas del reino, gracias también al saldo de los gastos que las operaciones militares habían irrogado.

Los nuevos catastros fueron obstaculizados por los terratenientes y el clero, que quería sabotear los propósitos del gobierno de gravar los bienes eclesiásticos.

El último de los virreyes austriacos, Giulio Borromeo Visconti, vio la invasión borbónica y la consiguiente guerra, dejando sin embargo a los nuevos soberanos una situación financiera mucho mejor respecto a la dejada por los virreyes españoles.

Al poco de ser coronado, Carlos VII trajo reformas y modernidad a su nuevo reino, logrando pronto la unidad del pueblo y el favor de este hacia su rey.