Las reformas de Cisneros, que contó con la total confianza de los Reyes Católicos, no significaron ningún tipo de cambio teológico, como el que poco tiempo después significó la Reforma luterana (Cisneros muere en 1517, a pocos días de que Lutero diera a conocer sus tesis de Wittenberg), sino una reorganización institucional o reforma del clero, tanto del regular como del secular, que convirtió a la Iglesia española en un mecanismo disciplinado, estrechamente vinculado a la política y los intereses de la Monarquía hispánica durante todo el Antiguo Régimen.
[2] Las reformas de Cisneros en el ámbito de la liturgia afectaron al denominado rito hispano o mozárabe, incluyendo sus manifestaciones artísticas (canto mozárabe).
[3] Una obra ambiciosísima, la Biblia Políglota Complutense (en hebreo, latín y griego), no llegó a tener la difusión esperada.
Las bulas alejandrinas determinaron que el control de la monarquía sobre la Iglesia en el Nuevo Mundo fuera incluso más estrecho.
No sólo la orden franciscana a la que pertenecía Cisneros, sino también los dominicos, los agustinos y otras.