Finalmente, el apoyo del rey a Guillermo hizo que este obtuviera el cargo.

Aun así, tuvo varias obstáculos que entorpecían su nombramiento, el más notable, las normas dictadas por Isabel I de Castilla que prohibían la concesión de oficinas eclesiásticas a extranjeros.

Cisneros había sido universalmente respetado mientras que el nuevo arzobispo era un joven extranjero desconocido.

El rey ignoró la petición, por lo que Guillermo nunca vivió en Toledo.

Un relato contemporáneo de Alonso de Santa Cruz, historiador real del rey Felipe II, dijo que "fue un juicio justo de Dios que ni Croy gozó del arzobispado ni fue restaurado el marqués".