Dicho bando, que a la postre resultó perdedor, estaba liderado por el rey Alfonso V de Portugal.

Finalmente, su liberación se produjo mediante un intercambio de presos, puesto que el bando real había apresado a la condesa y a su hijo.

«Entre los nobles que le acompañaban estaba el nuevo marqués de Villena, Diego López Pacheco, a quien el rey había distinguido con la misma preferencia que a su padre y a cuya tutela estaba encomendada Juana, la 'hija de la reina'».

[3]​ En la guerra de sucesión castellana (1475-1479), Diego, al igual que su padre había hecho anteriormente, apoyó a Juana la Beltraneja, que finalmente perdió la guerra por el trono.

Su fortaleza que estaba en manos del marqués, es asediada por los rebeldes locales y estos a su vez deben soportar el asedio de los refuerzos que envía Don Diego en su ayuda.

Los reyes, no obstante, le permitieron seguir usando el título de marqués de Villena, que nunca añadieron a los suyos.

[7]​ Fue en las cercanías de este último castillo, luchando contra las tropas del marqués allí asentadas, donde perdió la vida el poeta Jorge Manrique.

Enterado de que el poeta había sido seriamente herido por una lanza, Diego López Pacheco le envió sus propios cirujanos, pero no pudieron evitar su muerte, que se produjo poco después, el 23 de abril de 1479 en Santa María del Campo Rus.

Ese mismo año participa en la conquista de Álora y Setenil.

En esa época se ocupa también de sofocar una importante revuelta cuyo epicentro era Fiñana.

Estuvo presente en la capitulaciones por las que se entregaba la ciudad de Granada a los Reyes Católicos.

En esta guerra también moriría su sobrino, Juan de Padilla, paje muy estimado por la reina Isabel.

Diego aspiraba a recomponer su antiguo señorío de Villena, razón por la que escogió el partido del nuevo rey, quien antes de morir tuvo en su mesa el documento por el que se lo restituía, pero que no llegó a firmar.

En 1506 nace su hijo Diego, que se convertirá en sucesor de sus títulos.

Prestó millones de maravedíes al emperador Carlos para financiar su primera guerra contra Francia, gracias a la que se apoderó del Milanesado.

Pedro Ruiz de Alcaraz predicaba en Escalona desde 1519 por petición del marqués.

Hernando del Pulgar le atribuye en su Cancionero General la máxima "muera la vida, y la fama siempre viva".

Entre las obras impulsadas en este monasterio jerónimo por Diego López Pacheco, destacan las de la capilla mayor.

En 1527, hizo construir en Escalona el Hospital de San Andrés, hoy desaparecido.

Dejaba asimismo tres millones de maravedíes para la hija mayor y dos para las siguientes.

Dejaba también pleno poder sobre las rentas y territorios del marquesado para su mujer, Juana Enríquez «por el mucho amor que ella y yo nos avemos tenido».

Entre su descendencia directa destaca Juan Manuel Fernández Pacheco (1650-1725) fundador y primer director de la Real Academia Española (RAE) y mayordomo mayor del rey Felipe V.