En la guerra civil entre Pedro I y su hermanastro Enrique II de Trastamara comenzó apoyando a Pedro I, pero en 1366 pasó al bando de Enrique II[8]​ cuando Pedro I huyó desde Burgos a Burdeos en busca de la ayuda de los ejércitos del Príncipe Negro.

Tras estos sucesos, Enrique II hizo a Pedro González ayo de su hijo y heredero Juan, le concedió los bienes de los Orozco, incluyendo las villas de Buitrago e Hita en 1368,[9]​ y lo nombró su mayordomo mayor.

[10]​ Enrique también, después de la muerte de su hermano, el infante Sancho en 1374, lo nombró, junto con otros magnates y prelados, gobernador del reino «para el caso de que el Trastámara tuviera que abandonar Castilla por cualquier razón».

En 1374 combatió la primera invasión del Duque de Lancaster.

En el verano de 1385 Pedro acompañó a Juan I en la desastrosa derrota de Aljubarrota en Portugal, donde, según la leyenda, tras la huida de las tropas y encontrándose el rey castellano con su caballo muerto, cedió Pedro su propia montura al rey para que no cayese prisionero, ante lo que el rey le ordenó que subiera a la grupa para escapar ambos, a lo que González de Mendoza contestó: «Non quiera Dios que las mujeres de Guadalaxara digan que aquí quedan sus fijos e maridos muertos e yo torno allá vivo».

Con ella tuvo cinco hijas, que menciona en su testamento: Elvira,[d]​ María,[e]​ Inés,[f]​ Mencía[g]​ y Juana de Mendoza, esta última la bisabuela el rey Fernando el Católico.

Él y su esposa habían fundado cuatro mayorazgos con merced real; uno para su primogénito, Diego, otro en Íñigo, otro en Fernando, y otro en Juan, los cuatro hijos varones.

Mandó a sus hijas Elvira, María, Inés y Mencía, 300 000 maravedíes a cada una, declarando que a otra hija suya, Juana de Mendoza, le había dado idéntica cantidad cuando casó con Diego Gómez Manrique.