Su madre, después de enviudar, contrajo un segundo matrimonio c. 1470 con Diego López de Zúñiga, I conde de Miranda del Castañar.[n.
1][n. 2] María volvió a enviudar y en 1491 entró en el convento de las clarisas en Calabazanos.
3] Más adelante, en 1479, María de Sandoval donó todo lo que le pertenecía en las villas de Candeleda, Alexa y La Puebla (Ávila) a su hijo Pedro, quien se obligó a entregarle en recompensa de esta donación 300 000 maravedíes cada año por toda su vida en su villa de Navarrete y 1000 fanegas de pan, situadas en las referidas villas de La Puebla y Alexa.[n.
De este matrimonio nacieron: Tuvo dos hijos naturales con María Gómez de Sandoval:[16] Con Inés de Mendoza y Delgadillo tuvo cuatro hijos naturales:[17] Tuvo una hija natural con ... de Espinosa:[18] Aparte de los anteriores, tuvo otros hijos naturales.
El 14 de marzo de 1515, el rey Fernando el Católico, expidió una cédula dirigida al prior y los monjes del Monasterio de Santa María la Real de Nájera, ordenando que no pusieran impedimento para su enterramiento en el monasterio.