En 1527, a petición del inquisidor general Alonso Manrique, participó en una conferencia en Valladolid del 27 de junio al 13 de agosto para estudiar, junto con otros experto, el supuesto contenido heterodoxo de los textos de los escritos de Erasmo de Róterdam, que habían sido denunciados a la Inquisición.

En 1535 renunció a su puesto en la Universidad de Alcalá y regresó a Burgos.

En 1537 fue procesado por la Inquisicion, acusado de propagar los errores de Erasmo de Róterdam en sermones, y fue obligado a retractarse.

Para evitar futuros problemas, se trasladó a París, donde llegó a ser decano de la facultad de Teología de la Sorbona.

Enzinas fue un destacado humanista y el primer traductor del Nuevo Testamento desde el original griego al castellano.