Constituciones que se llevarían ese mismo año a la imprenta.

Alonso Manrique, pues, tuvo que abandonar su inicial simpatía por los erasmistas y empezó a perseguirlos ferozmente al igual que a los alumbrados, evangélicos, luteranos, anabaptistas y calvinistas.

Organizado por la Inquisición, se compiló y publicó un Index Librorum Prohibitorum, abreviadamente llamado Índice, de textos heréticos, publicado en 1539 y con diversas ediciones ampliadas hasta que se abandonó tras el Concilio Vaticano II en el siglo XX.

Manrique publicó una orden dirigida a los inquisidores provinciales en la que alentaban a las delaciones para descubrir a los miembros de esta secta de los dejados y alumbrados, además de los judaizantes en secreto, los erasmistas y los reformados luteranos y calvinistas.

Entre las víctimas destacan San Juan de Ávila, llamado el Apóstol de Andalucía, debido a las envidias y temores que provocaba su vida ejemplarmente sencilla.

La primera conversión de los moriscos quedaba ya lejana, y parecía necesario revisar la situación, lo cual se llevó a cabo con más severidad y rigor que anteriormente.

Esto no se llevó a cabo con desmanes, sino que Manrique se opuso a la persecución indiscriminada, reservando los castigos sólo para los crímenes más graves.

A pesar de esta magnanimidad, y a causa del apoyo de los moriscos en contra del emperador Carlos V, éste decretó su persecución.

Debido a muchas desavenencias con la inquisición, el emperador detuvo el Santo Oficio entre 1535 y 1545.