Finalmente, todos los añadidos en épocas posteriores fueron desmontados en 1881 para recuperar el lucernario original de al-Hakam II del siglo X.

[2]​ En 1709 el canónigo Antonio Maldonado Monje costeó un retablo y se construyó una bóveda barroca que ocultó la islámica del califa al-Hakam II.

Las últimas restauraciones efectuadas fueron las vidrieras neogóticas diseñadas por Mateo Inurria, así como la gran modificación de Ricardo Velázquez Bosco a comienzos del siglo XX, momento en el que fueron trasladadas a este lugar muchas de las laudas sepulcrales que contiene, mereciendo destacarse la del obispo Alonso Manrique, que luce su escudo episcopal entre motivos ornamentales mudéjares.

[4]​ Fue transformada a finales del siglo XV, convirtiéndose entonces en una nave con arcos apuntados de cantería y moldura gótica, cubierta a dos aguas y arcos formeros de medio punto.

Esta techumbre es la única de este tipo existente en Córdoba y se debió realizar a finales del siglo XV.

Los sillares de la capilla se hallan dispuestos a soga y tizón.