Fundado en 1405 es considerada la primera obra del gótico cordobés, siendo monasterio hasta su exclaustración en 1835.

[2]​ Debido a su propiedad privada, el monasterio es únicamente visitable desde 2014 durante ocho días del año, en grupos muy reducidos y con visitas guiadas organizadas por la asociación Amigos de Medina Azahara.

[3]​ El monasterio fue fundado a principios del siglo XV por el ermitaño portugués fray Vasco de Sousa, que estaba decidido a implantar la Orden de San Jerónimo en Castilla, donde todavía no albergaba representación.

Aunque fray Vasco realizó la construcción de una pequeña iglesia y claustro en los orígenes del monasterio, fue realmente fray Gómez, prior entre los años 1426-1449, quien edificó la cisterna, el refectorio, el dormitorio, las escaleras, la caballeriza, las celdas, la cocina vieja, la casería y la cerca vieja.

Dos años más tarde, ya se tiene constancia del primer enterramiento en la iglesia: Sancha de Rojas, viuda del alcaide de los Donceles; mientras que el retablo aún estaba en construcción en 1488.

A partir de este momento existe un vacío en las fuentes hasta las modificaciones barrocas del siglo XVIII, cuando se añade la cúpula barroca a la iglesia y se cubre con bóveda de lunetos el refectorio.