[2]​ El cronista Pedro Cieza de León cuenta que, estando la hueste española en Cajamarca, Aldana se ofreció voluntariamente para ir, en solitario, como mensajero ante el inca Atahualpa, para pedirle que apresurara su marcha a la ciudad, en cuya plaza le esperaban los españoles.

Una vez entregado el recado, Aldana regresó donde sus compañeros, ganando así fama de valiente e intrépido.

Debelada la sublevación de Manco Inca, el siguiente episodio de la conquista del Perú fue la disputa del Cusco entre pizarristas y almagristas, que derivó en la primera guerra civil entre los conquistadores.

Siguió como vecino en La Plata y en reconocimiento a sus servicios, pudo conservar su repartimiento de indios e incluso este fue acrecentado.

[2]​ Al estallar la Gran Rebelión de los encomenderos encabezada por Gonzalo Pizarro, Aldana mantuvo su lealtad a la Corona y partió de La Plata en apoyo del virrey Blasco Núñez Vela.

Se dice que al ser llevado al patíbulo, Aldana se quebró y empezó a llorar, pero de nada le sirvió, cumpliéndose la condena en la plaza de Armas del Cusco (1546).