Sus padres, judíos recientemente convertidos al cristianismo, eran zapateros remendones pobres.

Su madre fue perseguida por hechicería y el nombre Orgóñez lo tomó Rodrigo de un noble, Juan de Orgoños, que según él era su padre, aunque Orgoños siempre lo negó.

Dejó legados a sus supuestos padres, pero su principal heredero era su hermano Diego Méndez.

Su gran labor en el Perú incluye la captura del Vilac Umu y de los principales capitanes del ejército de Manco Inca, quien finalmente logró huir.

Estos hechos terminaron por obligar al monarca indígena a refugiarse en la selva, abandonando parcialmente la lucha.