Como premio a su lealtad fue nombrado Gobernador del Paraguay, cargo que renunció sin haberlo asumido.
Quedó en el recuerdo no solo por su inquebrantable lealtad a la Corona, sino por la afabilidad de su trato y la caballerosidad que demostró para con todos, en particular hacia los indios, quienes le tuvieron gran estima.
Allí encontraron a las fuerzas de Perálvarez, quien se había proclamado capitán general alzando igualmente la bandera del Rey.
Peranzúrez se puso al servicio de Perálvarez y marcharon juntos hacia el norte, llegando hasta Huaylas (actual Áncash), donde se unieron a las tropas del licenciado Cristóbal Vaca de Castro, quien por orden real ejercía ya el gobierno del Perú.
Abierta la campaña, Diego Centeno estuvo en la batalla de Chupas (1542) donde fue derrotado el bando almagrista.
Ambos viajaron a Lima para protestar contra las Leyes Nuevas y solicitar privilegios para su villa.
Centeno fue proclamado por el Cabildo de la Plata como Capitán General y Justicia Mayor.
Reunió una fuerza de ciento ochenta hombres fieles al Rey y con ellos bajó hasta Arequipa, a la que tomó fácilmente.
Ya por entonces se hallaba enterado de la derrota y muerte del virrey en Iñaquito.
Gonzalo Pizarro envió contra él a su fiel maese de campo Francisco de Carvajal, quien abandonó la campaña contra el virrey y partió de Quito, pasando por Lima y Cuzco, donde reforzó sus tropas, pasando luego a perseguir a Centeno y su pequeño ejército, quienes evitaron encuentros frontales.
Pronto logró reunir Centeno un ejército poderoso de 1000 soldados, con los que pasó al altiplano, a orillas del lago Titicaca.
Abrió negociaciones con Centeno, pero este le respondió reafirmando su lealtad al Rey y más bien le pedía que depusiera su rebeldía ya que solo así obtendría el perdón real.
Carvajal, demostrando sus grandes dotes militares, dejó primero que su rival se cansara desarrollando sus maniobras; luego hizo entrar en acción a su nutrida tropa de arcabuceros, que él mismo había equipado y entrenado con suma meticulosidad.
Luego huyó junto con algunos capitanes, con el ánimo de seguir la resistencia, pese a la apabullante derrota que había sufrido.
Sin contrariarse, Centeno insistió en mostrarse amable y le preguntó si necesitaba algo, pero Carvajal lo rechazó, respondiéndole así: “Señor Diego Centeno, no soy tan niño o muchacho para que con temor de la muerte cometa tan gran poquedad y liviandad como sería rogar a vuesa merced hiciese algo por mí.
Y no me acuerdo, buenos días ha, tener tanta ocasión de reírme, como del ofrecimiento que vuesa merced me hace.”[1] También Centeno trató cristianamente a Gonzalo Pizarro, demostrándole el aprecio que le tenía, pues era consciente de que las circunstancias desafortunadas y los malos consejos le habían llevado a esa situación.
Esta urbe tan enorme, donde todos sus habitantes obtenían buenas ganancias, el boato y el lujo se observaba por doquier, al igual que las intrigas y los enfrentamientos entre los miembros de aquella sociedad que competía entre sí por alardear de sus riquezas.
Por instrucciones del 20 de diciembre de 1548 se encomendó a Centeno fundar varias poblaciones, cuidar el buen trato a los indios y evitar que le acompañaran soldados que hubieran participado en la rebelión gonzalista.
Para evitar esto, Centeno hizo una venta simulada de todo su patrimonio a su criado Juan Guaso.
Luego hizo preparativos para ir a España, donde esperaba ser recompensado definitivamente, sin adquirir ya ningún compromiso al servicio de la Corona.
[3] Por ser una muerte súbita, se llegó a decir que fue víctima de un envenenamiento durante un banquete.
Lo cierto es que su criado Guaso cerró en masa con los bienes de su amo, respaldándose en el documento firmado por este.
Dice Garcilaso que su muerte “se sintió y lloró en todo el Reino, por la bondad y afabilidad de Diego Centeno, que fue un caballero de los más bienquistos que hubo en aquella tierra…” Dejó dos hijos mestizos: Gaspar Centeno, habido en la india Elvira, y María Centeno, habida en la india Bárbola.