Relevado del mando, Illán retornó al Cuzco, desde donde escribió a Francisco Pizarro advirtiéndole que se cuidara de los almagristas.Vaca de Castro no le castigó por este desacato y se limitó a reprenderle.El virrey se enteró de todo ello y desde ese momento incubó un odio feroz contra Illán.Ello no impidió que el virrey le siguiera guardando ojeriza, tratando de implicarlo con los rebeldes.Haciendo traer ante su presencia a Illán, lo llamó traidor, acusándole de que con su anuencia se habían huido sus sobrinos.
Grabado decimonónico que representa al factor Illán Suárez de Carvajal tras ser muerto a puñaladas por el Virrey Núñez Vela y sus servidores (13-IX-1544).
