Consiguió solo once soldados para su hueste, más una mujer, Inés Suárez, y unos mil indios auxiliares.
Renueva la marcha hacia el valle del Aconcagua, donde el cacique Michimalonco intentó detenerlo sin éxito.
Trazó la ciudad en forma de damero, dentro de la isla fluvial dividen todo el terreno en manzanas, que se partieron a la vez en cuatro solares que se asignaron a los primeros vecinos.
Al trazado y formación de la ciudad le siguió la creación del primer cabildo, organismo que ordenaba la vida pública en aquel entonces, importando el sistema jurídico e institucional español.
Luego Valdivia emprendió una campaña hacia el inexplorado sur, llegando a las márgenes del río Biobío, iniciando la guerra contra el pueblo Mapuche o Guerra de Arauco, la que es relatada por Alonso de Ercilla en su obra La Araucana (1576).
Ese mismo año la rebelión mapuche liderada por Lautaro en una trascendental batalla acabó con la vida de Valdivia en Tucapel en 1553.
Ciertos documentos históricos cuentan como una leyenda que Lautaro abrió el pecho de Valdivia y lo devoró con toda su furia resguardada hacia la Corona española.
Alderete se encontraba en España negociando el reconocimiento del cargo de Valdivia por el rey, Aguirre en la conquista de Tucumán y Villagra en las ciudades del sur (Concepción, La Imperial y Valdivia).
En Copiapó Aguirre recibe noticias desde el norte, había llegado un nuevo virrey al Perú y se había nombrado un nuevo gobernador para nono; se trataba de García Hurtado de Mendoza.
Perdida esa mano sin ninguna mueca de dolor Galvarino colocó la otra, que también se la cortaron.
Pidió la muerte, pero los conquistadores lo dejaron ir y se fue el araucano con los suyos para planear su venganza.
El jefe mapuche, llevado al fuerte Tucapel, intento pactar con los españoles, prometió convertirse al cristianismo, pero Reinoso, el jefe del fuerte, decidió condenarlo a muerte empalado, es decir, a sentarse en una pica que le destruiría dolorosamente las entrañas.
Allí se enteró de la muerte del sucesor de su padre, por lo que este seguía en el mando, eso le entregó más confianza, por lo que se mantuvo un tiempo más en la capital.
Este trabajador, a quien hasta entonces no se le había pagado salario alguno, debía ser remunerado con la sexta parte del producto de su trabajo, y esta cuota se le debía pagar regularmente al fin de cada mes.
Al iniciar su mandato reorganizó la reglamentación del trabajo en las minas y anuló las encomiendas que García Hurtado de Mendoza había entregado a sus amigos y compañeros, lo que le originó nuevas protestas.
Se obtuvieron resonantes victorias en Angol, derrotando finalmente a las fuerzas lideradas por el cacique Loble, en 1564.
Posteriormente encabezó una nueva campaña en el sur, resultando victorioso contra los mapuches en las batallas de Reinohuelén y Tolmillán.
Pese a esos triunfos (que mostrarían ser muy poco eficaces en el futuro cercano), la corte no reconoció sus méritos y al regresar a la capital supo del nombramiento de la Real Audiencia en Chile, que debía dirigir los destinos del país.
Se dirigió al sur para actuar en la Guerra de Arauco, consiguiendo solo una nueva derrota en el asalto al fuerte mapuche de Mareguano, por el que debieron ser evacuadas Arauco y Cañete.
Agotado, delegó en el general Lorenzo Bernal del Mercado la contención de los mapuches, dedicándose a la administración civil.
España prometió enviarle 500 refuerzos para acabar definitivamente con la guerra, pero solo llegaron 300, de una calidad muy inferior a la esperada y prácticamente sin equipo.
La medida provocó crecientes enfrentamientos entre los encomenderos, pues quedarían en la más miserable pobreza, pues estaban seguros (y así ocurrió) que los indígenas no pagarían los nuevos tributos y se dedicarían al ocio.
En ese año Sotomayor comenzó a poner en ejecución su plan con los escasos hombres que tenía.
Chile era un territorio perteneciente el Virreinato de Perú y era una Capitanía General, pero no un reino.
Hawkins en sus correrías también atacó el puerto de Valparaíso, pero como el botín era muy pobre, en un acto caballeresco, devolvió los artículos que no le servían y dejó en libertad a los marineros apresados.
El gobernador no recibía los hombres solicitados, pero sí les llegaron dos órdenes religiosas, los padres agustinos y los jesuitas, estos últimos tendrían una gran importancia en los futuros sucesos ocurridos durante la colonia en Chile hasta su expulsión.
El gobernador decidió no esperar más, y en 1594 inicio las campañas del sur con el reducido contingente con el que contaba.
Los pocos refuerzos no eran culpa del virrey, que ofrecía generosas ofertas para unirse al ejército, sino porque el nombre de Chile estaba tan manchado por esa guerra interminable, que nadie deseaba arriesgar su vida yendo a ese infierno.
En el segundo día de marcha encontraron un sitio llamado Curalaba (‘la piedra partida’ en mapudungún), a orillas del río Lumaco, encajonado allí por altas barracas, donde descansaron sin tomar siquiera ninguna medida de precaución para evitar un ataque.
En la refriega murieron casi todos los españoles, con excepción del clérigo Bartolomé Pérez, hecho prisionero, Bernardo de Pereda, soldado que quedó tirado en el campo de batalla con 23 heridas en el cuerpo pero aún vivo.