Rodrigo de Quiroga

Mientras, en Santiago, el cabildo no obedeció lo encomendado por el testamento y proclamó gobernador a Rodrigo de Quiroga.

Hubo así por algún tiempo dos gobernadores en Chile: Francisco de Villagra en el sur y Quiroga en el norte.

Esta situación terminó al regresar Villagra desde la zona de guerra para reclamar su derecho a la gobernación.

En el 1565, el Virrey envió refuerzos desde el Perú, al mando del general Jerónimo de Costilla.

En estas circunstancias, el gobernado interino Pedro de Villagra que era hermano del titular, vio que sus fuerzas para luchar por su cargo eran escasas comparadas con las de Quiroga, se rindió y entregó el mando, para posteriormente ser enviado al Perú.

[4]​ Pese a esos triunfos (que mostrarían ser muy poco eficaces en el futuro cercano), la corte no reconoció sus méritos y al regresar a la capital supo del nombramiento de la Real Audiencia, que lo reemplazaría en el mando.

Su grave enfermedad y su edad le impidieron continuar dirigiendo la guerra, encomendándosela a su yerno Martín Ruiz de Gamboa.