Tras la muerte del gobernador, se trasladó al Perú donde contrajo matrimonio con Beatriz de Figueroa.
Volvió a Chile cuando su primo Francisco de Villagra era gobernador.
Posteriormente encabezó una nueva campaña en el sur, resultando victorioso contra los mapuches en las batallas de Reinohuelén y Tolmillán.
La muerte del virrey empeoró su situación, siendo reemplazado por Rodrigo de Quiroga; fue arrestado y enviado al Perú, donde logró reivindicarse.
Tras su absolución pidió al rey reparaciones a las que creía tener derecho, sin recibir respuesta.