Sin embargo, la tradición araucana imponía una larga celebración de la victoria, la cual impidió a Lautaro explotar el éxito obtenido, como era su deseo.

Los mapuches quedaron en una aparente paz, pero habían evolucionado: ya contaban con armas de fuego sustraídas al conquistador y mejores estrategias.

Ya con experiencia en la guerra se abocó a ganar tiempo con los indígenas tratando de hacer las paces, aunque presentía una tensa situación.

Villagra logró conducir bien la defensa provocando una espantosa matanza entre los atacantes, quienes finalmente desistieron de seguir la acción retirándose hacia sus asentamientos y ofreciendo paz a Concepción.

Villagra junto con Zurita y otros capitanes supieron que en Perquilauquén, al noroeste de Reinohuelén, se habían fortificado algunos mapuches rebeldes en un pucará.

Sus opiniones se basaban principalmente en lo que reportó García Hurtado de Mendoza, quien veía a los antiguos conquistadores como ineptos y sin prestigio.

Por otro lado, la guerra contra el pueblo mapuche ya se había prolongado demasiado tiempo con un costo muy alto en términos de vidas.

En este punto los Huilliches fueron los que llevaron la iniciativa de sublevación al aliarse con los mapuches para luchar como un solo cuerpo ante el español.

Finalmente, decidió hacer la guerra defensiva instalando tres fuertes en el Biobío, lugares en que los españoles a la larga vivieron prisioneros.

Los mapuches advirtieron la debilidad ofensiva de los españoles y aprovecharon para atacar Purén, el cual debió ser despoblado.

Oñez de Loyola, apresurado por probarse con los mapuches, intentó enrolar a pobladores y confiscarles bienes, pero estos por presiones en el Cabildo resistieron la orden.

Logró escapar hacia Angol, y los huilliches asociados a los mapuches ocuparon todo lo que se había conquistado en Lumaco.

Para lograr la autorizacón Ribera le aseguró al monarca que si le daba la autorización lograría la pacíficación de la provincia en tres años si contaba con un refuerzo profesional de al menos 1000 hombres y se les daba un sueldo a los 1200 que ya tenía bajo su mando.

Durante el asedio muchos soldados desertaron o murieron de hambre, por lo que su comandante tomo drásticas medidas contra la cobardía.

[31]​ Los mapuches no presentaron batalla en ningún caso, ni tampoco establecieron sitios a las ciudades importantes como en antaño.

[36]​ En ambas marchas los locales presentaron poca resistencia, retrocediendo a zonas boscosas, montañosas o pantanosas, ante esto las tropas españolas se limitaron al saqueo y el pillaje.

Sin embargo varios soldados desertaron por las malas condiciones de vida, pasándose al enemigo y dándoles información vital.

Tras una feroz lucha, los españoles agotados y rodeados por masas compactas de guerreros cayeron uno a uno tras sucesivos ataques desde todas partes.

[44]​ En la que sería su última campaña (verano de 1609 y 1610) García Ramón tomó fuertes castigos contra los indígenas, estos escarmientos provocaron una nueva sublevación.

Allí quemó sembradíos y construyó un campamento en el mismo lugar donde Valdivia fundó un fuerte, sin embargo, no encontró resistencia.

[44]​ El 31 de diciembre, sabiendo que las tribus costeras eran las que ofrecían mayor resistencia, se preparó a atacar los valles vecinos, pero su plan se interrumpió cuando tras levantar su campamento ordenó a su vanguardia explorar los alrededores pero esta fuerza cruzó un arroyo y quedó separada del resto de la tropa española.

Cuando estuvo ya en condiciones operativas la soldadesca salió en una campaña punitiva contra los indios de Purén quienes no le dieron batalla por encontrarse diezmados y rehuyeron el combate frontal.

Finalmente ambos se retiraron del campo de batalla en un combate indeciso, pero que podría haberse tornado en un completo desastre para el nuevo gobernador.

Durante un mes dio vueltas por territorio enemigo y este no le presentó batalla, limitándose a quemar las sementeras.

En el bando contrario, los indios aparentando someterse a lo pactado figieron la paz, pero subterráneamente se estaba gestando una nueva gran insurrección.

Casanate quedó sorprendido de la fiereza del pueblo mapuche y estimó sabiamente que debía ser muy cuidadoso en planificar sus acciones.

Misqui logró escabullirse, aunque ya no volvería a ser una amenaza, fue capturado y ahorcado sumariamente en Yumbel, muy cerca del campo de batalla.

El comercio también se acentuó más entre los fuertes y las comarcas, aunque la adicción al alcohol hizo estragos en la voluntad mapuche.

La reunión tuvo un éxito relativo, pues los jefes indígenas lograron que varios grupos mapuches, pero no la totalidad, depusieran las armas.

El comercio y la unión entre hispanos e indígenas, generaron además un mestizaje que actuó como puente entre ambas culturas.