Según el misionero y lingüista jesuita Andrés Febrés, el término «chavalongo» provendría de:[3]
Es probable que haya sido la forma de llamar a cualquier fiebre producida por las nuevas enfermedades introducidas por los conquistadores españoles —como la gripe,[4] el sarampión, la viruela u otras— cuando todavía no eran identificadas por los indígenas.
[5] En los textos que describen esta enfermedad, el chavalongo se ha asociado erróneamente tanto a la fiebre tifoidea como al tifus[6] —pese a sus nombres, estas enfermedades no son lo mismo: la primera se produce por bacterias del género Salmonella en la vía digestiva y la segunda, por varias especies de bacteria del género Rickettsia mediante la picadura de diferentes artrópodos—.
Asimismo, cuando el general José San Martín pasó por Chile, tras la Expedición Libertadora del Perú (1824), contrajo una enfermedad que todavía se llamaba «chavalongo».
Se estima que las enfermedades catalogadas como «chavalongo» por los mapuches causaron su catastrófica disminución demográfica e impidieron su triunfo definitivo en la Guerra de Arauco.