Esta primera ocupación se llevó a cabo con relativamente poca resistencia, pero luego se produjo una sublevación de los mapuches que habitaban las cercanías del río Malleco, bajo el mando del lonco Quilapán.
En el año siguiente más de 1500 soldados estaban concentrados en Angol para operaciones en el interior araucano.
Sin embargo, otras fuentes, como Saavedra, consideraban que los abajinos y arribanos aún con los contingentes venidos de las pampas no superaban las 4000 lanzas.
En enero de 1869 1500 mapuches son derrotados en Chihuaihue por el general José Manuel Pinto.
Los araucanos se reorganizaron y atacaron Angol, ante esta situación el ministro de Guerra, Francisco Echaurren, marchó con refuerzos a Cautín.
En la costa el coronel Saavedra ocupó Cañete y Tucapel, sofocando la rebelión de 1500 guerreros en Purén.
[39] Al final, Quilapán quedó solo con las 2500 lanzas que pudieron reunir los arribanos por su cuenta.
El Coronel Gregorio Urrutia estuvo a cargo de la anexión del restante territorio.
Su asalto fracasó y cuando atacaron la línea del Malleco que creían desguarnecida fueron masacrados, con esto las tropas chilenas pudieron seguir su avance, cruzaron el Cautín, y el 24 de febrero fundaron el fuerte de Temuco.
[42] Los aborígenes respondieron atacando dos caravanas matando 100 personas, en los cerros de Ñielol, ese mismo mes.
Sin embargo, gracias a la hábil diplomacia chilena las tribus jamás actuaron como un solo grupo.
El fuerte fue defendido por 45 guardias nacionales y 20 soldados dirigidos por el capitán Juan Barra.
[50] Al mismo tiempo Tirúa fue atacada sin éxito y desde ahí se lanzaron varias expediciones punitivas.
[53] A mediados del mes los combates cesaron y las tropas chilenas llevaron varias operaciones de castigo para asegurar la región.
Tras su derrota, los mapuches fueron concentrados en «reducciones», pequeñas reservas generalmente separadas unas de otras por áreas ocupadas por colonos chilenos y europeos.