La primera junta de gobierno en Chile buscó, en un primer momento, establecer una monarquía liberal, leal al rey cautivo, pero separada del Imperio español.[17] Según esta versión 1000 indios aliados ya habían desertado y 2100 estaban a orillas del Biobío decidiendo que hacer.Por su parte el brigadier Carrera habría tenido apenas mil hombres con que salirles al encuentro, 350 dragones y 650 lanceros milicianos, todos a caballo.[18] Por su parte Carrera se hallaba con 900 granaderos y 200 milicianos a caballo para recibirlo al norte del río[10] (25 de abril).[38][39] O'Higgins, quien tenía apenas un centenar de hombres en la urbe para combatir decidió escapar al Maule, donde Carrera organizaba el ejército patriota.El poner a sus hermanos en altos puestos militares causó fuertes conflictos entre José Miguel Carrera y la junta capitalina, algo que denotara posteriormente.Al día siguiente, los realistas cortaron el agua de las acequias y prendieron fuego a las casas para abrirse paso hacia la plaza.[89] San Martín encargó al fraile Luis Beltrán —que contaba con 700 hombres a sus órdenes— la fabricación de pólvora, armamentos, municiones y uniformes.[92] Pueyrredón envió al nuevo ejército toda la ayuda que pudo, incluyendo refuerzos militares, dinero, alimentos, armas, uniformes y municiones en gran cantidad.[95] En total 4000 tropas activas,[96] aunque se señala que las provincias podían movilizar gran número de milicianos a caballos.[101] San Martín se esforzó en conservar un trato amistoso con los caciques pehuenches del sur mendocino, que dominaban los pasos cordilleranos.[146] Allí se unió a Ordóñez, que había resistido cerca de nueve meses los ataques independentistas en Talcahuano con 1600 hombres.Osorio se retiró como pudo con mil hombres bajo el acoso constante de la caballería independentista hasta Concepción.El 4 de mayo se tomó la decisión en una reunión con sus generales, pero cuando intentó llevarla a cabo le resultó muy difícil conseguir los recursos y las tropas para la expedición.[173] Para septiembre el gobierno chileno había organizado una escuadra de cinco naves con 118 cañones y 1206 hombres al mando del capitán Manuel Blanco Encalada en Valparaíso.[188] Así, por ejemplo, milicias llamadas patrullas volantes cometieron toda clase de vejaciones en territorio mapuche protegidas por el ejército.Llegado a Parral el 22, tras perder más de cien hombres entre muertos y desertores,[206] Zapiola fue relevado del mando por Freire, quién logró organizar más de 1600 hombres para detener a Sánchez y hacerlo retroceder hasta el sur del Itata.Las fuerzas republicanas del brigadier Balcarce tomaron Los Ángeles el 20 de enero pero agotadas decidieron no perseguir a sus enemigos.Rápidamente Benavidez reunió las tropas realistas dispersas en la región y sublevó la guarnición del fuerte de Santa Juana, donde estableció su cuartel general.Si Benavides se apoderaba de dicha plaza todas las tierras al sur del Biobío quedarían bajo su absoluto dominio.Solo cuando las antiguas tropas de Alcázar decidieron cambiar nuevamente al bando patriota esta se definió como una decisiva victoria republicana.[225] El coronel Álvarez Condarco, enviado a Londres, contrató al marino Thomas Cochrane, para dirigir la escuadra chilena en formación.Ratificada su autoridad, San Martín y el Ejército de los Andes emprendieron la expedición al Perú junto a las fuerzas chilenas.A pesar de que el territorio recorrido no quedaba asegurado, la campaña debilitó militarmente al virrey Pezuela y lo desprestigió políticamente.[268] Mientras tanto, los realistas lanzaron ataques contra Los Ángeles, Nacimiento, Santa Bárbara, Purén y Tucapel Nuevo, que saquearon con 2500 hombres,[269] mientras una gran tropa dirigida por Picó cruzó el Laja para atacar Chillán.También los costinos, en cuyo territorio se desarrolló la mayor parte del conflicto,[279] siendo muchos de ellos forzados a huir al interior.[285] La guarnición en fechas anteriores debió ser mucho más pequeña[152] ya que un gran número de chilotes seguían combatiendo en Chile y el Alto Perú (se estima que más de dos mil sirvieron en el ejército realista en tierra firme)[286] pero una vez cayeron los demás bastiones realistas uno por uno sus fuerzas fueron replegándose y concentrándose en la isla.El 28 de marzo por su parte llegó desde Osorno la caballería patriota al mando del capitán Manuel Antonio Labbé que atacó y tomó Carelmapu.Para evitar ser atacados o dividirse avanzaron por la Pampa hasta que se instalaron entre las tolderías de los vorogas o boroanos ubicadas en Chadileuvú y Salinas Grandes[297] (estas parcialidades mapuches fueron sus aliados desde 1818 hasta 1821 en Chile cuando, derrotados los realistas y acosados sin cesar por los abajinos, se vieron forzadas a migrar a las pampas en masa, conformando la Confederación boroana).[299] Incluso intentaron tomar a Chillán pero durante la marcha, al ver que esto sería cuando menos muy costoso, su principal aliado, Mariluán, los abandono y fracasaron.
