A la llegada de los españoles, la isla estaba poblada por chonos, huilliches y cuncos.

Los chonos eran cazadores y recolectores nómadas que se desplazaban en embarcaciones llamadas dalcas, mientras los otros dos pueblos se dedicaban al cultivo de papas, maíz y porotos y a la ganadería de llamas.

La isla fue originalmente bautizada con el nombre de Nueva Galicia, pero ese término no prosperó y se mantuvo la voz huilliche Chiloé, que significa "lugar de chelles" (una gaviota blanca con la cabeza negra).

[8]​ Desde mediados del siglo XIX y hasta principios del siglo XX, Chiloé fue el principal productor de durmientes para ferrocarriles en todo el continente.

A finales del siglo XX, Chiloé siguió el modelo impuesto en todo Chile y experimentó cambios en sus sistemas de vida.

En 1972 se presentó promulgó por primera vez una ley en referencia al proyecto de construcción de un puente que permitiera unir la Isla Grande con el territorio continental,[10]​ idea promovida por el entonces diputado por la zona Félix Garay.

Sin embargo, durante 2006, el proyecto del Puente Bicentenario fue cancelado luego que el costo estimado superara con creces lo presupuestado inicialmente.