Está ubicada entre las cuencas del río Toltén y la del río Imperial El lago drena una hoya limitada en el norte por el extremo sur de la cordillera de la Costa y en la parte sur por el cordón montañoso Catripulli.
La hoya tiene un área de 497 km² y un régimen estrictamente pluvial.
[2]: 457–458 Las precipitaciones alcanzan anualmente entre 1.500 y 3.000 mm[1]: 8 que son conducidos al lago por sus afluentes Comúe, Bolleco, Maiteco, Allipén, Matalhue, Budi Chico y otros.
Esta apertura e intercambio entre el mar y el lago altera la calidad del agua debido a una corriente de densidad generando una fuerte estratificación por salinidad en el lago impidiendo el paso de oxígeno a capas más profundas.
[3]: 59 Desde los tiempos precolombinos —cuando era conocido como Füzi, que en mapudungún significa sal o perdiz— era vital como vía de comunicación de los mapuches entre su islas al interior del lago.
Los estados hipereutrófico y eutrófico son estados no deseados en el ecosistema, debido a que los bienes y servicios que nos brinda el agua (bebida, recreación, higiene, entre otros) son más compatibles con lagos de características ultraoligotróficas, oligotróficas o mesotróficas.