Fue hijo de Francisco Pinto y de Nieves Arias; en 1840 se casó con María Candelaria Flora Agüero Asenjo y tuvo cuatro hijos: José Manuel, Horacio, Marcial y Guillermo Pinto Agüero.
Se batió en Maipón contra el ejército revolucionario de 1859.
Desde 1864, formó parte del Congreso Nacional como diputado por los departamentos de Valdivia y Osorno (1864-1867) y de San Carlos (1867-1870), pero no se incorporó.
En 1871, fue nombrado consejero de Estado del presidente Federico Errázuriz Zañartu.
En su honor se nombró al pueblo de Pinto.