Descubierto su intento, fue condenado a muerte, pero Hernando Pizarro le salvó la vida.
Al empezar su mandato descubrió una conspiración dirigida por Pedro Sánchez de la Hoz, que ya había intentado apoderarse del gobierno en oportunidades anteriores, pero que Valdivia había perdonado por sus posibles influencias en la corte.
Esta muerte le causaría problemas a Valdivia, realizándose un juicio contra él por esta y otras irregularidades, de las que se libró, trayendo además en su poder la designación del virrey como gobernador.
Pero el hijo de Aguirre le comunicó a su padre los acontecimientos y su designación del segundo lugar en el testamento, por lo que regresó a Chile y se entabló una pelea entre los dos capitanes, del que salió mejor parado Villagra, producto del poco apoyo que tenía su rival.
Cuando Villagra triunfaba en Peteroa llegó el nuevo gobernador designado por el virrey Andrés Hurtado de Mendoza, quien era nada menos que su hijo García Hurtado de Mendoza.
Enviado a Lima para ser sometido a juicio por su actuación, la sentencia le fue favorable y se ganó la confianza de muchos, que veían en su detención un acto de arbitrariedad del hijo del virrey.
Al iniciar su mandato, reorganizó la reglamentación del trabajo en las minas y anuló las encomiendas que García Hurtado de Mendoza había entregado a sus amigos y compañeros, lo que le originó nuevas protestas.