Los bosques eran prácticamente impenetrables, los ríos se desbordaban y los naturales asediaban constantemente.
Apenas lograron llegar hasta el río Pilcomayo, y visto el fracaso de la expedición, emprendieron regreso camino a Tarija, en actual sur de Bolivia.
Estas nuevas tropas al mando de Alderete remitidas por mar hacia Chile, debieron permanecer en Arica esperando el resultado del proceso judicial al cual Valdivia fue sometido en Lima.
Ya en Chile, a Alderete le correspondió desarrollar un activo papel en la Guerra de Arauco.
En octubre de 1550 Valdivia lo envió desde Concepción en una excursión hacia la cordillera.
Alderete llegó donde nace el río Toltén, que desde entonces se llamó lago Villarrica.
Fundó la Villa Rica en el mismo sitio que al presente ocupa esta ciudad, y le dio ese nombre por la presencia de oro en las arenas de los arroyos que llegaban al lago.
Portaba además una extensa relación en que Valdivia enumeraba sus servicios al Rey en la conquista del país, y solicitaba diversos títulos y recompensas que estimaba le correspondían.
Los cabildos de las ciudades del sur (Concepción, La Imperial, Valdivia, Villarrica y Los Confines), amenazadas por el alzamiento indígena posterior a Tucapel, habían designado Gobernador a Villagra, quien estaba al frente de las fuerzas españolas en la guerra de Arauco.
Esta confusión tenía lugar junto a los estragos que les provocaba el líder mapuche Lautaro, y fue resumida con maestría por Alonso de Ercilla:
La misma flota conducía al nuevo virrey del Perú Andrés Hurtado de Mendoza.