[3]​ En 1555 partió desde Londres hacia Chile, donde se había sublevado el pueblo mapuche, llamado «araucano» por los españoles.

Estuvo en Chile diecisiete meses, entre 1557-1559 y conoció a don Francisco Pérez de Valenzuela.

Malherido, Alonso de Ercilla corrió a una iglesia y buscó asilo.

El gobernador mandó encarcelarlos y degollar a ambos contendientes al día siguiente.

Alonso de Ercilla siguió preso tres meses más y luego fue desterrado al Perú.

Escribiría don Alonso en su épico poema La Araucana respecto de este serio incidente: del mozo capitán acelerado a plaza fui sacado injustamente a ser públicamente degollado; ni la larga prisión impertinente do estuve tan sin culpa molestado ni mil otras miserias de otra suerte, La Araucana fue considerada por Cervantes como una de las mejores obras épicas en verso castellano que haya producido España y la salva novelísticamente del fuego a que fue sometida la biblioteca de don Quijote.

Sus restos estuvieron varios siglos bajo el altar en una cripta donde se enterraban las propias monjas, pero fueron trasladados a la iglesia anexa al monasterio para que pudiesen ser visitados con más facilidad.