Finalmente fue resuelta en 1537 con la creación de la Veragua Real y del «Ducado de Veragua», partiendo el territorio en dos.

Su capital fue la ciudad de Santa María la Antigua del Darién, que había sido fundada en 1510, hasta que la capitalidad fuera trasladada a la Ciudad de Panamá en 1520, siendo aquella definitivamente abandonada en 1524.

Debido al descubrimiento del océano Pacífico, en julio de 1514 se creó la nueva jurisdicción de Castilla del Oro la cual se amplió para comprender la vertiente pacífica de las actuales Panamá, Costa Rica y Nicaragua.

La parte occidental, que se extendía al oeste del ducado, por gran parte de lo que hoy es la costa pacífica de Panamá y Costa Rica, fue unida en 1540 con la «Veragua Real» que eran los territorios sobrantes de la antigua gobernación de Veragua, para constituir la provincia de Nueva Cartago y Costa Rica.

A esta jurisdicción fue agregada en 1560 la nueva provincia de Veraguas, creada durante el reinado de Felipe II de España con el territorio del antiguo ducado homónimo.