[7]​ El lugar elegido para la erección de la nueva urbe fue una aldea y comarca que los indígenas del cacicazgo de Nicoya llamaban Brutina,[2]​ Gurutina, Orotiña u Orotina,[1]​[2]​ que según un mapa trazado por el célebre cronista Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés[8]​ estaba en la costa oriental del entonces golfo de San Lucas,[6]​ cuya población guerrera poseía templos en donde adoraban al sol, haciéndole sacrificos humanos para luego concretar con actos de canibalismo, también eran agricultores y comerciaban utilizando semillas de cacao como monedas.

[8]​ La nueva población, sin embargo, no se construyó en la costa junto a la aldea antedicha, ubicada posiblemente a orillas del arroyo llamado hoy Abangaritos, sino a unos 20 km tierra adentro hacia el estesudeste, y a unos 15 km al estenordeste de la aldea Chomi —posterior reducción española desde 1556 y actual localidad de Chomes— (y al norte y equidistante de la actual población de Puntarenas,[6]​ surgida como la hacienda de El Palmar del Puerto de Arenas en 1722).

Según Rodríguez Argüello este primer cabildo estuvo compuesto por un alcalde Ordinario, seis regidores, un procurador y un alguacil Mayor.

[11]​ En 1525,[12]​ el capitán Hernández con las ciudades de León y Granada pretendía desligarse y anexarla a la Capitanía General de Santo Domingo,[10]​ decidiendo desmantelar a la villa neofundada, por lo que terminó traicionando a Pedro Arias Dávila, gobernador de Castilla de Oro,[12]​ ya que era el nexo que lo unía con dicha gobernación.

[15]​ El nuevo gobernador también intentó adquirir los derechos en esas regiones pero solo lo logró en la villa de Bruselas ya que la ciudad de León estaba obedeciendo la autoridad del gobernador del territorio hondureño.