Dentro de la superficie del cantón se encuentra importantes reservas biológicas como Cabo Blanco.

La anterior cita es la más antigua que se tiene conocimiento sobre el sitio, el cual se originó como consecuencia del proceso geomorfológico litoral, que comenzó a principios del siglo XVII, y dio como resultado la flecha de arena.

Justifican tal decisión, emitida por Juan Rafael Mora Porras, en el aumento de población, su desarrollo comercial y portuario los servicios espontáneos que presentara en la campaña contra los filibusteros provenientes del sur de los Estados Unidos; ya que esta ciudad era el paso obligado para dirigirse al norte hacia Guanacaste por el río Tempisque, de ahí su importancia en la Campaña Nacional de 1856-1857.

Se considera que el aumento de la población del cantón se dio luego de que se declarara a Puntarenas como Puerto Franco de altura para las exportaciones de café a Inglaterra y Chile en 1847, ayudado por la construcción del burrocarril entre Barranca y Esparza y la construcción del ferrocarril entre San José y Puntarenas finalizado en 1910.

Luego se produce un gran decaimiento con el traslado del puerto a Caldera.

Esto puede cambiar en el futuro, ya que existe un debate constante sobre la reasignación del área por efectos históricos.

Cuenta con una economía basada en la pesca artesanal, industrias relacionadas con el sector pesquero, y el turismo.

Arroz, caña de azúcar, café, frutas (sandía, mango, melones, limones), verduras (tomate, chile), maíz, café, flores, productos agrícolas de autoconsumo familiar.

Existen algunas explotaciones lecheras en las zonas altas al norte del cantón, particularmente en el distrito de Arancibia.

Actualmente continúa siendo destino turístico principalmente entre los costarricenses, aunque el muelle remodelado permite el atraco de cruceros y esto a su vez genera la incursión de turistas nacionales y extranjeros.

Los tres distritos del cantón de Puntarenas ubicados en la península de Nicoya (Lepanto, Cóbano y Paquera), allende el golfo de Nicoya, son importantes destinos turísticos debido a que en ellos se localizan atractivas playas como Montezuma, Tambor, Carmen, Hermosa, Manzanillo, Santa Teresa, Mal País, isla Tortuga, etc.

En Cóbano, también se encuentra la Reserva biológica absoluta Cabo Blanco, uno de los sitios más importantes y antiguos del país en lo que se refiere a conservación natural.