El Concejo Municipal de Puntarenas es la máxima autoridad del gobierno municipal del cantón de Puntarenas, cabecera de la Provincia de Puntarenas y la más grande y poblada del Pacífico costarricense.

Puntarenas fue declarada oficialmente Comarca por medio del Decreto del 7 de diciembre de 1848 otorgándole un estatus político especial que no era el de provincia y declarando: Las ordenanzas municipales de 1862 y 1867 permiten a los cantones menores nombran representantes al Consejo Municipal Provincial formando así Cabildo con tres miembros y presidido por un delegado político designado por el Presidente de la República y como primera autoridad.

Bajo la presidencia de Juan Mora Porras en las cabeceras de provincia (y la comarca de Puntarenas) era donde residía la autoridad municipal provincial.

A la Comarca de Puntarenas se le concedieron las atribuciones de las cinco provincias de ese entonces; San José, Alajuela, Cartago, Heredia y Guanacaste.

En 1848 la Constitución crea un gobierno municipal en cada cabecera de cantón, dando nacimiento así al cantón de Puntarenas con sede en el distrito homónimo.