Cabe señalar que el término anexión de Guanacaste para referirse a este evento se considera históricamente incorrecto.
No fue sino hasta 1838 que las municipalidades de las tres poblaciones más importantes del partido de Nicoya ratificaron su anexión al país, y hasta 1858 fue que Costa Rica tuvo seguridad jurídica sobre Guanacaste con la firma del tratado Cañas-Jerez.
En 800 d. C. arribaron los chorotegas desde el norte, permitiendo un mayor vínculo de la región con Mesoamérica, pero sin eliminar las bases locales.
La situación administrativa de Nicoya durante la época colonial se ha dividido en cinco etapas, en las cuales el territorio estuvo por distintos periodos unido a Nicaragua, a Costa Rica y con periodos de autonomía, siendo el más largo entre 1602 y 1787.
Esta situación se mantuvo hasta 1588, cuando Artieda fue depuesto por la Audiencia de Guatemala, y les fue otorgada la autonomía a las tres entidades por separado.
Esta situación se mantuvo hasta 1602, cuando la Alcaldía fue declarada nuevamente autónoma.
Sus alcaldes mayores o corregidores eran nombrados directamente en Guatemala, y sus facultades eran las de gobernaciones menores.
Si bien los vínculos de Nicoya con Nicaragua fueron siempre muy estrechos, Costa Rica no estuvo ajena a esta conexión.
Para que la anexión se diera, hubo muchos factores determinantes que incluyen realidades geográficas, vínculos políticos, situaciones históricas y contextos socioeconómicos, donde la cercanía y actividad comercial de Nicoya con el puerto de Puntarenas fue elemento determinante.
A partir de esta elección, los vínculos políticos entre los representantes de Nicoya y Costa Rica se vinieron estrechando, pues Nicoya debía enviar sus electores a Cartago para diversas votaciones, como las elecciones para los representantes ante la Diputación Provincial de Nicaragua y Costa Rica.
En el caso de Nicaragua, esto se vio reflejado en la lucha por el poder local entre las ciudades de León y Granada, cuya pugna se extendió por buena parte del siglo XIX.
En 1823, dos años después de la independencia, hubo en Nicaragua un alzamiento contra el gobierno conservador.
En 1823, el abogado y diputado costarricense ante el Congreso Federal Centroamericano, Pedro Zeledón Mora, manifestó en una carta fechada en León, Nicaragua, la conveniencia de incorporar a Nicoya a Costa Rica: En 1823, la Junta de Gobierno envió una misión diplomática a León y Granada en Nicaragua, ciudades que se encontraban enfrentadas por el control del país, en las cuales se firmaron acuerdos donde se aprobaba la posible incorporación del partido a Costa Rica.
Durante el periodo colonial, la provincia de Costa Rica tuvo una precaria existencia económica.
Durante los siglos XVII y XVIII, las comunidades que habitaban a ambos lados del golfo de Nicoya tuvieron un activo comercio.
No obstante, la habilitación del puerto de Puntarenas en 1814 hizo crecer económicamente a Nicoya y Santa Cruz principalmente.
A inicios del siglo XIX se consolidó un activo intercambio comercial entre la región del Tempisque y los valles de Bagaces y Cañas, formándose una unidad económica con la ciudad de Esparza, que a su vez comerciaba con San José en el Valle Central de Costa Rica.
Conforme se incrementó el comercio en la zona del río Tempisque, los ganaderos que tenían fincas en ambas orillas del río tuvieron que enfrentar una serie de trabas administrativas por pertenecer el territorio a dos unidades distintas.
Entre los antecedentes que llevaron a la anexión, también se han mencionado los factores étnicos y socioeconómicos.
Las grandes haciendas ganaderas se encontraban casi todas desde el río Tempisque hacia Nicaragua, mientras que la tierra se encontraba más repartida entre el pasaje de Diriá hasta Nicoya.
Tres días después, otro plebiscito similar se llevó a cabo en Santa Cruz, con el mismo resultado.
En 1838, las tres municipalidades (Santa Cruz, Nicoya y Guanacaste) confirmaron su decisión de permanecer anexadas a Costa Rica.
La copia original del Acta se encuentra en el Archivo Nacional de Costa Rica.
La anexión del partido de Nicoya a Costa Rica ha tenido repercusiones políticas, económicas, sociales y culturales.